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訪談 | 微基因創(chuàng)始人兼CEO陳鋼:全基因組測序的應(yīng)用是技術(shù)發(fā)展必然趨勢

時間:2019-12-10作者:華大智造閱讀數(shù):10409分享

2019年9月9日,由華大智造自主研發(fā)的超高通量基因測序儀——DNBSEQ-T7正式交付商用。其中,微基因(WeGene)是DNBSEQ-T7測序儀的第一批客戶。近日,華大智造誠邀微基因(WeGene)創(chuàng)始人兼CEO陳鋼博士進(jìn)行了訪談。


微基因(WeGene)創(chuàng)始人兼CEO陳鋼博士


全基因組測序數(shù)據(jù)本身的價值很高,能更好滿足對更復(fù)雜突變的檢測


在基因測序的應(yīng)用上,無論是做偏娛樂的祖源分析,還是檢測疾病風(fēng)險,準(zhǔn)確的測序結(jié)果是最基本的要求,也是決定解讀分析結(jié)果準(zhǔn)確與否的最重要因素。當(dāng)下,衛(wèi)健委和臨檢中心等部門有相關(guān)管理機(jī)制來保證基因檢測基本的質(zhì)量。這是每家實(shí)驗(yàn)室都應(yīng)該去遵循的,而且標(biāo)準(zhǔn)要不斷提高。


關(guān)于轉(zhuǎn)向個人全基因組檢測領(lǐng)域,在我看來,測序的基因組數(shù)據(jù)必然會從早期的PCR轉(zhuǎn)到芯片,再到全基因組測序,呈現(xiàn)一個越來越全的趨勢。


舉個例子,比方說現(xiàn)在做慢性病檢測時,如遲發(fā)性阿爾茲海默癥,經(jīng)常會說APOE(載脂蛋白E)是一個高頻突變芯片,優(yōu)化好是可以測得還不錯的。但如果想全面評估阿爾茲海默癥的風(fēng)險,必須要做全基因組測序才能得到更詳細(xì)的信息。早發(fā)型的阿爾茲海默癥全是罕見突變,且大范圍地在幾個基因上面存在。大規(guī)模全面篩查地貧、耳聾等疾病也是一樣的道理。


假設(shè)從微基因本身來看芯片與全基因組檢測的研究使用過程,芯片本身的設(shè)計(jì)依賴于目標(biāo)人群的全基因組測序數(shù)據(jù)作為參考,在設(shè)計(jì)時需要知道哪些基因位點(diǎn)在中國具有代表性,哪些效果是最明顯的等等。芯片數(shù)據(jù)用于研究時,也需要巨大的全基因組測序參考數(shù)據(jù)集作為參考。


從微基因和數(shù)據(jù)的角度來看,我們愿意在全基因組測序上面投入足夠多的原因是,全基因組測序數(shù)據(jù)本身的價值很高,芯片數(shù)據(jù)想要用好也必須依賴于全基因組測序數(shù)據(jù)??傊瑥膫€人基因組檢測的角度來看,全基因組測序的應(yīng)用就是技術(shù)發(fā)展必然的趨勢。


從長遠(yuǎn)的階段來看,全基因組測序能夠覆蓋的應(yīng)用場景要比芯片多得多。對于一般的消費(fèi)者而言,芯片可以滿足大部分人對個人基因組的需求。但同時也能看到,從微基因今年年初比較規(guī)律地交付全基因組測序開始,伴隨解讀和功能不斷細(xì)化增加,全基因組測序在用戶中所占的比例也在不斷上升,我想這也代表了一個趨勢。


全基因組測序也能更好地滿足我們對于更復(fù)雜突變的檢測,尤其是伴隨整個行業(yè)從偏娛樂偏滿足大眾好奇心,轉(zhuǎn)向解決大眾健康和疾病問題的時候,這種優(yōu)勢會越來越明顯。



我們一直在期待一款類似于DNBSEQ-T7這樣的機(jī)器出現(xiàn)


就華大智造的機(jī)器本身而言,MGISEQ-2000是一款很成熟且很成功的機(jī)器,但不足以滿足大規(guī)模交付全基因組測序需求。對微基因而言,我們一直在期待一款類似于DNBSEQ-T7這樣的機(jī)器出現(xiàn)。我們決定做全基因組測序,而且跨過了外顯子,不管出于成分還是從整個交付能力的考慮,通量是我們迫切的需求。


從MGISEQ-2000到DNBSEQ-T7, 華大智造的核心技術(shù)是一脈相承的,當(dāng)我們看到MGISEQ-2000的數(shù)據(jù)質(zhì)量不錯時,就意識到華大智造在測序儀的研發(fā)生產(chǎn)上已經(jīng)進(jìn)入技術(shù)相對成熟的狀態(tài),所以在去年年底看到DNBSEQ-T7的性能參數(shù)后就決定成為第一批“吃螃蟹” 的人。


如果沒有DNBSEQ-T7,我們不可能真正在全基因組測序方面做什么事情的。從現(xiàn)實(shí)角度來看,我們不可能在一個場地里放置100臺機(jī)器,人員和成本都受不了,運(yùn)營管理能力也跟不上。如果一臺T7可以抵上20臺通量較小的機(jī)器,那么這件事情就能夠做到。其次,爭取去成為首批用戶也有成本和研發(fā)上的考慮,我們可以最早拿到數(shù)據(jù)。


目前T7已經(jīng)運(yùn)行一段時間了,這款機(jī)器的穩(wěn)定性和投入使用的速度比同一階段的MGISEQ-2000要快。我想這也是整個團(tuán)隊(duì)生產(chǎn)交付能力和經(jīng)驗(yàn)上升的體現(xiàn),不管從交付能力還是本身機(jī)器本身來說,都進(jìn)入了相對成熟的狀態(tài),成長還是比較快的。


經(jīng)過調(diào)試和使用評估,T7的交付能力滿足需求,現(xiàn)已在實(shí)際的生產(chǎn)交付中投入使用。今年10月開始做樣品生產(chǎn),出于通量上的考慮我們會盡快將全基因組測序轉(zhuǎn)到T7平臺上。


我之前以為大家或許要等到華大股份和我們跑出一些數(shù)據(jù)后才會接受這款儀器,但是后來看到它獲得的認(rèn)可度是很高的,我想關(guān)鍵原因在于T7真正地幫助大家大規(guī)模地進(jìn)行全基因組檢測,加上機(jī)器本身交付的穩(wěn)定性也不錯,基本滿足了我們對全基因組測序的期望以及核心業(yè)務(wù)的需求。


DNBSEQ-T7的出現(xiàn)把全基因組檢測變成業(yè)務(wù),而不只是嘗試


此前,我們在針對市場端的全基因組檢測是不太敢有太大動作的。按照之前的交付能力,我們一個月只能做100多例全基因組檢測,如果我們搞一場活動,賣出去了300個檢測,最終是沒有辦法及時交付的。去年我們做過一次WGS的活動,從6月份售出到12月底才交付完成,而且為了滿足通量需求,我們內(nèi)部花費(fèi)了很多精力去調(diào)配各種資源。但現(xiàn)在DNBSEQ-T7的出現(xiàn)提升了我們?nèi)蚪M檢測的交付能力,也讓我敢去做這事了。


做To C端產(chǎn)品和做科研服務(wù)是很不一樣的,比如面對1000個樣品,如果是做科研,在三個月后交付并自行調(diào)通量是允許的。但當(dāng)我們面對消費(fèi)者時,無論你賣出去多少份全基因組檢測,用戶自然會期待在8個自然日拿到報告,越早越好。但這就很難在其他通量的單機(jī)上實(shí)現(xiàn),管理和配套都會很麻煩。只有當(dāng)T7這樣超高通量的機(jī)器在實(shí)驗(yàn)室中,才真正有可能把全基因組檢測變成業(yè)務(wù),而不只是嘗試。


民眾對基因檢測有越來越科學(xué)的認(rèn)知


我是比較滿意的,整體來說從投入產(chǎn)出來說要比預(yù)期要好。有以下幾個關(guān)鍵的原因,一方面是我們在不斷改變對產(chǎn)品的想法,在推動基因檢測解決實(shí)際問題上做了很多嘗試。從最早的“概念”,到滿足人們的好奇心,再到現(xiàn)在面向個人解決一些具體問題,包括讓檢測結(jié)果能夠接上相應(yīng)的臨床服務(wù)等,都做出了很多努力。另外一個方面是,產(chǎn)品本身也在不斷往更加落地的方向走,隨著行業(yè)發(fā)展和市場投入加大,民眾對基因檢測有越來越科學(xué)的認(rèn)知,這時在消費(fèi)者的選擇上會更趨向于選擇好產(chǎn)品,我們之前做的那些事情在市場上的價值也日益凸顯。


這是兩個最重要的事情,一方面是我們自己做了很多努力,另一方面是消費(fèi)者的認(rèn)知加深。我們發(fā)現(xiàn),微基因的用戶群體本科以上學(xué)歷比例超過半數(shù),我想這個群體做出這個選擇一個是他們自己本身理解到位,另外這樣的消費(fèi)水平也是他們能夠負(fù)擔(dān)得起的。


基因組數(shù)據(jù)正被越來越多的人所利用,大家正往人人基因組這條路上邁進(jìn)


從測序角度來說,我最期待更大的通量和更低的成本,技術(shù)發(fā)展到一定程度后,我真心期待每個人家里都能放一臺測序儀,我期待那一天的到來。它可以不是用來測全基因組,全基因組測序完全可以到中心實(shí)驗(yàn)室來做,因?yàn)樗⒉恍枰焯鞙y,一輩子測一兩次就足夠了。


我們知道,幾乎所有活的東西都有DNA,或者所有跟活的東西打交道的事情都應(yīng)該跟基因組發(fā)生作用,當(dāng)它的成本無限低的時候,希望每個地方都能放置一臺特別小巧便宜的測序儀。往逼近極限的方向去想,當(dāng)測序總體成本為零時,會把它用在產(chǎn)生測序量最大的地方,這個市場前景是很大的。大型化、高通量、便宜在某種程度上是一個中短期的事情,我覺得在技術(shù)層面已經(jīng)逐步實(shí)現(xiàn);另一個極限,是小型化、快速,當(dāng)滿足快速的條件時,可能又會在小型化上追求通量。


短期來看,我希望儀器的自動化程度更高。一方面可以服務(wù)好現(xiàn)有企業(yè)研究機(jī)構(gòu)、臨床機(jī)構(gòu),另一方面在真正影響每個人的事情上面,在技術(shù)層面實(shí)際上實(shí)現(xiàn)技術(shù)突破??梢韵胂笠幌?,當(dāng)測序成本幾乎為零時,測序能做的事情實(shí)在是太多了,很多應(yīng)用場景也會被激發(fā)出來。我比較期待華大智造在硬件層面上能更好地整合。這些都依賴于上游的突破,也是值得去做的,我覺得應(yīng)該挺有希望的。


目前我們也許還沒法說,在什么時間點(diǎn)能夠?qū)崿F(xiàn)14億中國人“人人都有自己的基因組”,但現(xiàn)在可以看到大家努力的方向越來越清晰,基因組數(shù)據(jù)也正被越來越多的人所利用,大家正往人人基因組這條路上邁進(jìn)。

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