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英國皇家學(xué)會院士Rajeev Varshney教授:基于華大智造全流程測序設(shè)備先進(jìn)平臺,充分釋放農(nóng)業(yè)基因組學(xué)潛力

時間:2023-07-26作者:華大智造閱讀數(shù):5319分享

7月24-26日,聯(lián)合國糧食體系峰會階段成果總結(jié)推進(jìn)大會在意大利羅馬舉行,各國代表集思廣益,為應(yīng)對農(nóng)業(yè)糧食體系轉(zhuǎn)型過程中面臨的多重挑戰(zhàn)貢獻(xiàn)智慧。農(nóng)業(yè)基因組學(xué)為應(yīng)對人口和氣候變化的挑戰(zhàn)提供創(chuàng)新解決方案,發(fā)展前景非凡。


過去十年里,基因測序技術(shù)的發(fā)展極大地惠及了農(nóng)業(yè)生產(chǎn)和糧食安全。借助測序技術(shù),科學(xué)家不僅能夠更深入地了解作物性狀,而且還能根據(jù)遺傳信息培育出具有高產(chǎn)耐旱等優(yōu)良特性的品種。來自莫道克大學(xué)未來食品研究院的Rajeev Varshney教授與華大智造多年來通過基因測序技術(shù)共同開創(chuàng)局面,不僅使人們更好地了解作物性征,加速現(xiàn)有育種計劃,促進(jìn)農(nóng)業(yè)發(fā)展,并為全球可持續(xù)糧食系統(tǒng)做出貢獻(xiàn)。



解碼孤生作物,奠定合作基礎(chǔ)


自成立以來,華大智造一直與英國皇家學(xué)會院士、西澳大利亞莫道克大學(xué)未來食品研究院作物與食品創(chuàng)新中心主任Rajeev Varshney教授保持深入合作關(guān)系。Varshney教授是全球農(nóng)業(yè)基因組學(xué)領(lǐng)軍人物之一,在基因組和遺傳多樣性、分子育種、種子系統(tǒng)及產(chǎn)能提升等研究領(lǐng)域具有顯著影響力。他曾在印度國際半干旱地區(qū)熱帶作物研究所(ICRISAT)工作,致力于為亞非主要孤生熱帶作物建立基因組資源和遺傳分析體系,從那時起,他就接觸到DNBSEQ?測序技術(shù),多年來與華大智造的合作也在不斷加深。截至目前,Varshney教授與華大智造已合作發(fā)表超過17篇論文,其中7篇發(fā)表在《自然》等CNS期刊。




木豆是眾多發(fā)展中國家的重要糧食作物。2011年,Varshney教授在ICRISAT工作期間牽頭對木豆進(jìn)行基因組測序,并發(fā)布了該作物的參考基因組,其研究成果被廣泛用于遺傳學(xué)和生物學(xué)研究。鷹嘴豆作為蛋白質(zhì)的重要來源,產(chǎn)量在全球豆類中位列第三。但是在過去的五年里,全球豆類作物產(chǎn)量停滯不前,發(fā)展中國家人民營養(yǎng)不良程度增高,極端天氣例如干旱和高溫導(dǎo)致全球鷹嘴豆產(chǎn)量銳減70%。2021年,Varshney教授帶領(lǐng)團(tuán)隊對3366個鷹嘴豆基因型進(jìn)行了大規(guī)模測序,繪制了鷹嘴豆遺傳變異的完整圖譜。Varshney教授介紹,該圖譜有助于遺傳差異識別、遺傳進(jìn)化分析和候選基因的預(yù)測,科研人員在孤生豆科作物中獲取了高質(zhì)量的基因組資源,將有利于識別與耐旱性相關(guān)的基因。這些基因被用于在印度、埃塞俄比亞、肯尼亞和坦桑尼亞培育優(yōu)良品系,通過對這些品系的多地點測試,改良后的10多個耐旱和抗蟲病品種已在多個發(fā)展中國家注冊上市。




值得一提的是,這兩年,Varshney教授繼續(xù)深化研究,基于華大智造獨有的DNBSEQ?測序技術(shù)及其低錯誤率、低重復(fù)率、低標(biāo)簽跳躍率的優(yōu)勢,開始對10225個鷹嘴豆基因型進(jìn)行測序。去年,Varshney教授在莫道克大學(xué)使用華大智造超高通量基因測序儀DNBSEQ-T7,又新增了26個個體的stLFR (single tube Long Fragment Read) 數(shù)據(jù),用于基因組組裝和泛基因組構(gòu)建,數(shù)據(jù)產(chǎn)出高效準(zhǔn)確,為研究提供了可靠的依據(jù)。



對于許多發(fā)展中國家來說,以較低的成本獲得優(yōu)質(zhì)的測序數(shù)據(jù)進(jìn)行作物改良的能力對于解決農(nóng)業(yè)生產(chǎn)力下降的許多因素至關(guān)重要。在這方面,華大智造經(jīng)濟(jì)高效的測序技術(shù)正在幫助客戶與合作伙伴增進(jìn)對農(nóng)業(yè)基因組學(xué)的理解,開發(fā)重要糧食作物的寶貴基因組資源,消除世界饑餓。


共建尖端的基因組學(xué)研究平臺 釋放果樹園藝潛能

園藝業(yè)是澳大利亞第三大農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)。作為園藝作物的主要出口國,澳大利亞一直在支持抗病耐旱作物的生產(chǎn)與種植,提升農(nóng)業(yè)種植者的盈利能力和生計水平,力爭在全球保有行業(yè)競爭力。當(dāng)?shù)貓@藝作物種植者也在注重學(xué)習(xí)調(diào)整種植技術(shù),力求以低成本高效率提高作物產(chǎn)量。然而由于高昂的測序成本限制,一些果樹園藝作物如香蕉、菠蘿、木瓜、釋迦果和百香果,要么缺乏基本的基因組數(shù)據(jù),要么沒有被列入育種計劃,其品種和產(chǎn)量改進(jìn)存在挑戰(zhàn),而成本一直是將基因組學(xué)廣泛應(yīng)用于這類作物改良中的主要障礙。基于華大智造的DNBSEQ?高通量測序平臺、高質(zhì)量的數(shù)據(jù)產(chǎn)出和高效一體化工作流程將有望改變這一現(xiàn)狀,充分釋放農(nóng)業(yè)基因組學(xué)的潛力。


今年,華大智造與Varshney教授的合作開啟了新高度。在他的牽頭實施下,莫道克大學(xué)西澳農(nóng)業(yè)生物技術(shù)中心 (SABC) 正在建立先進(jìn)基因組學(xué)平臺(Advanced Genomics Platform),以進(jìn)一步研究作物基因組學(xué)。該計劃目標(biāo)是研究植物細(xì)胞中的遺傳物質(zhì),以提高香蕉、菠蘿、木瓜、釋迦果和百香果五種水果的品質(zhì)和抗逆性。項目研究所得的基因數(shù)據(jù)和信息將通過公共數(shù)據(jù)庫提供給育種者和種植者,使他們能夠更快地了解作物相關(guān)性征,并最終實現(xiàn)在更短的時間內(nèi)開發(fā)出更高產(chǎn)的品種,使種植者受益。該平臺之后將可用于其他大田和園藝作物改良計劃。




華大智造MGISP-960高通量自動化樣本制備系統(tǒng)、DNBSEQ-T7超高通量基因測序儀和ZTRON基因數(shù)據(jù)一體機組成的一站式工作流程正式入駐莫道克大學(xué)實驗室,為先進(jìn)基因組學(xué)平臺的搭建提供智能平臺支撐。Varshney 教授表示,DNBSEQ-T7靈活高效和超高通量等優(yōu)勢(每天高達(dá)7TB)將在這項研究中發(fā)揮重要作用。借助DNBSEQ?測序平臺更深入、快速和更準(zhǔn)確的測序工作流程,他們將對這五種作物進(jìn)行全基因組測序數(shù)據(jù)組裝和種質(zhì)資源全基因組測序。他和團(tuán)隊期望未來可以以更低成本分析更多的樣本數(shù)量,發(fā)掘更多研究可能性。


Varshney 教授說:“在與華大智造的持續(xù)合作中,我見證了華大智造測序技術(shù)的不斷發(fā)展。利用華大智造核心DNBSEQ?測序技術(shù),我們可以在相對較短的時間內(nèi)以較低的成本對成千上萬個基因組進(jìn)行測序。華大智造的超高通量基因測序儀和自動化設(shè)備在加速基礎(chǔ)科學(xué)以及基因組學(xué)的實際應(yīng)用,改善發(fā)達(dá)國家和發(fā)展中國家農(nóng)業(yè)發(fā)展發(fā)揮著關(guān)鍵作用。華大智造不僅僅是基因測序設(shè)備提供商,更是賦能科學(xué)家推動科學(xué)發(fā)展的重要合作伙伴?!?/span>


展望未來,華大智造將繼續(xù)助力Varshney教授及其團(tuán)隊在莫道克大學(xué)培育優(yōu)質(zhì)、安全和可持續(xù)的農(nóng)作物產(chǎn)品,利用前沿、創(chuàng)新的生命科學(xué)核心工具提高澳大利亞農(nóng)業(yè),如大田和園藝作物的全球競爭力。放眼全球,作為生命科學(xué)創(chuàng)新領(lǐng)域值得信賴的合作伙伴,華大智造也將持續(xù)推動農(nóng)業(yè)基因組學(xué)研究和產(chǎn)業(yè)發(fā)展,幫助各地種植者克服挑戰(zhàn),提高重要作物的性能和價值,增強全球糧食安全保障能力。

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