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用戶測評 | 華大智造DNBSEQ-T7測序平臺助力德運康瑞實現(xiàn)單細胞測序通量提升、成本降低

時間:2023-11-14作者:華大智造閱讀數(shù):4338分享

單細胞測序技術(shù)解決了細胞異質(zhì)性問題,極大地提升我們對生命系統(tǒng)認知的分辨率,已經(jīng)成為生命科學(xué)研究的常規(guī)手段。特別是在腫瘤和疾病領(lǐng)域,單細胞提供了對各種疾病機制的全新見解,為靶點發(fā)現(xiàn)、鑒定以及Biomarker改進提供了全新助力。


回顧單細胞測序技術(shù)的發(fā)展歷史,細胞通量不斷提升,單個細胞成本快速降低。在過去5年,發(fā)展出以微液滴和微孔板技術(shù)為代表的商業(yè)化單細胞平臺,一次可以在單個樣本中實現(xiàn)上萬個細胞捕獲。特別是國產(chǎn)單細胞測序平臺的崛起,大大降低了建庫成本,但樣本前處理+建庫+測序+數(shù)據(jù)分析各項環(huán)節(jié)的綜合成本依然不菲,特別是單細胞組學(xué)測序數(shù)據(jù)量大,同樣是成本制約的關(guān)鍵因素。華大智造DNBSEQ-T7測序儀可在24小時內(nèi)完成測序任務(wù),適配國產(chǎn)單細胞平臺進一步加速解決單細胞測序費用高、測序速度慢的難題。


測試方案



測序質(zhì)量和產(chǎn)出對比



DNBSEQ-T7平臺測序數(shù)據(jù)量產(chǎn)出平均值31.25G,測序質(zhì)量上Q30平均值達到84.8%,達到了預(yù)期的測序數(shù)據(jù)量,高質(zhì)量數(shù)據(jù)用于單細胞下游數(shù)據(jù)分析更加準確可靠。




單細胞數(shù)據(jù)指標對比


對測序下機數(shù)據(jù)進行質(zhì)控、數(shù)據(jù)拆分、比對分析和Cell Calling,得到基礎(chǔ)數(shù)據(jù)指標例如細胞捕獲率、mapping率以及基因檢出情況,其中捕獲細胞數(shù)3410個,符合上機細胞捕獲預(yù)期,平均基因中位值796(低深度測序)。取單細胞高變基因top 3000進行了表達相關(guān)性分析,皮爾遜系統(tǒng)均大于0.99以上,證明Well-Paired-Seq單細胞平臺產(chǎn)生的文庫兼容DNBSEQ-T7測序平臺。




數(shù)據(jù)質(zhì)控


單細胞數(shù)據(jù)分析前需要進行質(zhì)控來濾掉低質(zhì)量的細胞,從而獲得高質(zhì)量的單細胞數(shù)據(jù),例如對細胞中的counts值、檢測到的基因數(shù)、線粒體基因比例等進行調(diào)整。如下圖所示,分別對4組PBMC樣本進行如上調(diào)整,同時采用DoubletFinder算法來檢測并去除樣本中的雙細胞率從而獲得高質(zhì)量的單細胞數(shù)據(jù)用于細胞分群及注釋等下游分析。




細胞分群比例統(tǒng)計


對4組數(shù)據(jù)進行單細胞多樣本整合分析,結(jié)果表明不同實驗批次的結(jié)果有非常好的分群重疊擬合,并且在細胞分群比例上基本保持一致,采用SingleR算法進行細胞分群注釋,得到了T細胞、B細胞、NK細胞等。不僅證明了Well-Paired-Seq平臺在不同實驗批次上的穩(wěn)定性,產(chǎn)生的文庫適配DNBSEQ-T7測序平臺,呈現(xiàn)穩(wěn)定一致的結(jié)果。



測評總結(jié)


華大智造DNBSEQ-T7在Well-Paired-Seq平臺生成的文庫測序中表現(xiàn)穩(wěn)定且數(shù)據(jù)質(zhì)量高,可滿足用戶單細胞下游數(shù)據(jù)分析的各項需求,如細胞類型注釋、差異表達分析、功能富集分析、細胞間相互作用分析等。


值得一提的是,基于華大智造獨有的DNBSEQ測序技術(shù),超高通量基因測序儀DNBSEQ-T7日產(chǎn)出高質(zhì)量數(shù)據(jù)可達1-7TB,是當前全球日生產(chǎn)能力最強的基因測序儀之一。DNBSEQ-T7超強的日生產(chǎn)能力支持全基因組測序、超深度外顯子組測序、表觀基因組測序、轉(zhuǎn)錄組測序、單細胞測序、腫瘤Panel等大型測序項目。

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