""MGISEQ-200, one of the DNBSEQ platform, helped us to fight against COVID-19 in terms of ultra-high sensitivity detection of complex infections, virus mutation monitoring, tracing, pathogenesis, prediction, and assistance in clinical treatment."

——Bamrasnaradura Infectious Diseases Institute, Department of Disease Control, Thailand

我們利用MGISEQ-200全面對抗COVID-19，包括復(fù)雜傳感染疾病的超高敏感性檢測、病毒變異監(jiān)測和追蹤、病毒的致病機制研究和預(yù)測、臨床治療輔助診斷等。

——泰國公共衛(wèi)生部疾病預(yù)防控制局Bamrasnaradura傳染病研究所

隨著全球疫情防控工作快速有效的展開，泰國境內(nèi)累計確診新冠病毒肺炎病例目前控制在3000例左右。泰國公共衛(wèi)生部疾病預(yù)防控制局Bamrasnaradura傳染病研究所（Bamrasnaradura Infectious Diseases Institute，Department of Disease Control, Thailand，以下簡稱BIDI）參考中國方案，采用RT-PCR核酸檢測技術(shù)和高通量測序技術(shù)相結(jié)合的方法，對當(dāng)?shù)匦鹿谝伤撇±M行了確診，并展開了后續(xù)研究和分析。其中，BIDI所采用的高通量測序方案，正是基于華大智造MGISEQ-200及其配套的病原快速鑒定系統(tǒng)PFI（Pathogen Fast Identification）而展開。

在新冠疫情防控工作的前期，BIDI主要采用RT-PCR進行新冠病毒核酸檢測，但遇到了一些難以確診的新冠疑似樣本，比如RT-PCR檢測結(jié)果的Ct值位于檢測灰區(qū)內(nèi)。為提高確診能力，BIDI引入了高通量測序技術(shù)。在華大智造技術(shù)工程師的實地培訓(xùn)與指導(dǎo)下，BIDI利用MGISEQ-200及PFI鑒定系統(tǒng)，針對疑似樣本迅速展開了基于高通量測序技術(shù)的病毒檢測。

圖1  華大智造技術(shù)專家為BIDI工作人員提供培訓(xùn)

通過基于MGISEQ-200的高深度宏基因組測序，BIDI實現(xiàn)了快速確診。在送檢樣本中，各種極端樣本情況都會出現(xiàn)，比如：個別樣本 Ct值高達39.47，接近RT-PCR檢測臨界值；也有部分樣本第一次RT-PCR檢測呈陰性，第二次呈陽性。

圖2  MGISEQ-200下機數(shù)據(jù)Q30>90%

在PFI鑒定系統(tǒng)中點擊“報告查看”，結(jié)果顯示：在這兩例疑似樣本中檢測到的新冠病毒reads分別為21條和9條。

圖3  華大智造PFI系統(tǒng)分析報告（節(jié)選）

實踐表明：對于低病毒載量或痕量病毒載量的樣本，宏基因組測序具有相對優(yōu)勢，可以提高靈敏度，減少假陰性，實現(xiàn)與RT-PCR的重要互補。