HLA精準分型檢測為移植配型提供了重要理論依據,供者與受者HLA高分辨相合的移植可以提高患者的生存率,降低移植物抗宿主病發(fā)生機率。采用分子生物學手段對HLA進行分型檢測已廣泛應用于臨床醫(yī)療服務,如異體器官移植、造血干細胞移植、安全輸血,以及各種疾病關聯(lián)和藥物基因組學應用中。
為了準確鑒定HLA分型,提升檢測的準確率,海希生物基于華大智造DNBSEQ-G99測序平臺推出HLA分型檢測產品-HLA高分辨分型17位點檢測試劑盒(高通量測序),該產品采用雜交捕獲法,在G99平臺快速、靈活、簡單的優(yōu)勢助力下,通過一次實驗與檢測,可同時準確、快速獲取17個HLA等位基因的四位數分型結果。
01 產品方案
海希生物HLA分型檢測產品針對HLA的17個基因進行檢測,每個基因的目標區(qū)域設計加密探針,全面覆蓋完整的外顯子區(qū)域。HLA分型檢測產品可兼容多種樣本類型,包括外周血、口腔拭子、骨髓、臍帶血等。該產品包含的具體基因及類別見下表。
表1 海希生物HLA分型檢測產品覆蓋基因展示
02 檢測流程
圖1 海希生物HLA分型檢測流程
03 探針性能
1.海希研發(fā)團隊自主設計探針,充分考慮基因的多態(tài)性,實現對所有型別的有效捕獲,并根據最新IMGT_HLA 3.52數據庫進行探針補充,保證型別準確報出。
2.采用非重疊平鋪式探針設計,利用6000多條探針即可捕獲約216kb目標區(qū)域,且捕獲均一性極好,如左下圖所示為本次測試的16例樣本所有位點的平均測序深度均在200左右,右下圖即可直接展示出覆蓋度的均一性情況。
圖2 海希生物HLA共16個樣本覆蓋度展示
04 測試結果
1.海希生物HLA分型檢測方法與PCR-SBT檢測方法分型結果比對
選用UCLA室間質評標準品共16例,利用海希生物HLA分型檢測流程進行檢測,同時對這16例樣本進行PCR-SBT分型檢測。對樣本整體檢測結果評估,結果表明,海希生物通過G99測序的HLA分型檢測的分型結果與PCR-SBT分型結果比對一致,符合率達到100%。分型檢測中,使用的試劑盒產品包含:1)海希生物HLA 高分辨分型17 位點檢測試劑盒(NGS);2)940-001647-00 DNBSEQ 一步法DNB制備試劑盒 V4.0 OS-App 4 Rxn/Kit;3)940-000413-00 DNBSEQ-G99RS高通量測序試劑套裝(G99 SM App-C FCL PE150)。具體分型結果見附錄。
表2 海希生物HLA與PCR-SBT分型檢測結果對比
2.海希生物HLA分型檢測結果與室間質評提供的標準分型結果比對
同時,對于以上16個室間質評樣本的HLA II類基因在G99上的檢測結果與室間質評提供的標準分型結果比對,四分位分型完全一致(見下表)。
表3 HLA與標準分型檢測結果對比
05 海希生物HLA產品分析亮點
1.HLA基因多態(tài)性與人類多種疾病和用藥具有高度相關性:結果可展示CPIC指南用藥相關型別和常見疾病相關型別。
2.根據IMGT/HLA網站,結果可提示受/供者HLA-B先導基因型和移植后患GVHD風險。
圖3 HLA基因與疾病相關性
06 海希生物HLA產品特點總結
高效:自主設計探針捕獲效率高,目標基因捕獲區(qū)域覆蓋均一性好。
準確:覆蓋HLA低、中、高分辨分型,正確率100%。分型精度一般為4 位或者6位,最高可達8位精度分型,有效解決其他技術無法判定的模棱兩可型別。
專業(yè):專業(yè)研發(fā)和服務團隊,可幫助客戶發(fā)現新基因型別和開展后續(xù)科研工作。
經濟:使用HLA高分辨分型17位點檢測(高通量測序)項目試劑盒,支持大批量樣本上機,能有效降低實驗成本。
07 G99在HLA分型檢測應用中的優(yōu)勢
1.24小時內完成HLA全流程檢測
G99在12小時內即可完成PE150測序,顯著縮短了檢測的總時間。在移植醫(yī)學或免疫學領域,快速的結果反饋能夠為患者提供更迅捷的治療決策。
2.簡單便捷的操作流程
G99操作界面直觀簡潔,確保實驗室人員能夠方便、準確地進行檢測,操作方法簡單易學。
3.靈活多樣的上機模式
G99的雙載臺設計,可隨時開啟測序工作,適應多樣化的應用需求,同時實現檢測的準確性和廣泛性。
G99測序儀幫助用戶在HLA分型檢測的應用中24小時內極速獲取準確的檢測結果,為高通量測序技術在HLA分型檢測拓展了更多的應用場景。2023年9月,G99已獲批國家藥品監(jiān)督管理局(NMPA)醫(yī)療器械注冊證,被準許在國內市場應用于臨床,支持臨床方向多種DNA和RNA基因檢測應用需求。G99以其極致的測序速度、靈活簡單的上機體驗、高效多樣的測序選擇,持續(xù)賦能用戶,助力行業(yè)發(fā)展。
附錄