《你問我答》欄目搜集了華大智造客戶的常問問題,并為大家整理出了不同產(chǎn)品的FAQ,后續(xù)將陸續(xù)發(fā)布,幫助您更好地了解和使用我們的產(chǎn)品。
文章導(dǎo)覽:
Q1:MegaBOLT生信分析加速器是怎樣的產(chǎn)品?
Q2:MegaBOLT有哪些使用場景?
Q3:MegaBOLT可以為我?guī)硎裁词找妫?
Q4:MegaBOLT支持Reads的長度范圍是多少?支持單端(Single-end)測序的Reads嗎?支持不等長Reads嗎?
Q5:MegaBOLT是否支持動植物等非人類物種?
Q6:多個任務(wù)能在MegaBOLT機(jī)器上同時運(yùn)行嗎?
Q7:MegaBOLT使用什么算法進(jìn)行比對?
Q8:MegaBOLT使用什么算法進(jìn)行變異檢測?
Q9:MegaBOLT支持腫瘤分析嗎?
Q1:MegaBOLT生信分析加速器是怎樣的產(chǎn)品?
MegaBOLT生信分析加速器系列產(chǎn)品(包括MegaBOLT、ZBOLT、ZBOLT Pro),是華大智造自研專注于高通量測序領(lǐng)域的生物信息分析硬件加速系統(tǒng)。
支持胚系突變(Germline)與體細(xì)胞突變(Somatic)的全基因組(WGS)、全外顯子組(WES)、Panel靶向測序數(shù)據(jù),較經(jīng)典算法提速百倍。
產(chǎn)品集成ZMART生信應(yīng)用市場,支持超過百款增值應(yīng)用,可靈活配置更多拓展功能應(yīng)用。MegaBOLT快速、集成、易用、經(jīng)濟(jì),可大幅降低計(jì)算費(fèi)用,省時省心,助力您的業(yè)務(wù)高效開展。
產(chǎn)品主要有桌面工作站及機(jī)架式服務(wù)器兩種,適應(yīng)各種規(guī)模場地的多種場景需求:實(shí)驗(yàn)室、醫(yī)院、研究院所、公司企業(yè)。
Q2:MegaBOLT有哪些使用場景?
機(jī)架服務(wù)器版適用于擁有計(jì)算集群的用戶,通常是有大量計(jì)算任務(wù)的場景,如測序工廠、科研中心、商業(yè)公司;而工作站版則適用于一站式場景,例如醫(yī)院或?qū)嶒?yàn)室。
Q3:MegaBOLT可以為我?guī)硎裁词找妫?/strong>
極大縮短分析時間,WGS(30X)分析時間可以縮短到1/38,WES(100X)分析時間可以縮短到1/42,這可以減少計(jì)算資源的壓力,安裝更少的服務(wù)器。
Q4:MegaBOLT支持Reads的長度范圍是多少?支持單端(Single-end)測序的Reads嗎?支持不等長Reads嗎?
MegaBOLT支持Reads長度范圍為25bp~1000bp,具體來說MegaBOLT軟件中的BWA支持到250bp,Minimap2支持到1000bp,支持單端測序的Reads,支持不等長Reads。
Q5:MegaBOLT是否支持動植物等非人類物種?
MegaBOLT支持非人物種,默認(rèn)支持最大物種8Gbp,再大需要設(shè)置其他參數(shù),如“--mm2-param “-I 16G””。
Q6:多個任務(wù)能在MegaBOLT機(jī)器上同時運(yùn)行嗎?
可以,MegaBOLT通過任務(wù)調(diào)度系統(tǒng)管理多個任務(wù)。
Q7:MegaBOLT使用什么算法進(jìn)行比對?
采用Minimap2或BWA-MEM算法。
Q8:MegaBOLT使用什么算法進(jìn)行變異檢測?
MegaBOLT基于GATK 3.8 / GATK4.1版本的HaplotypeCaller進(jìn)行優(yōu)化加速,使用完全相同的算法,支持HaplotypeCaller的全部功能。以及DeepVariant變異檢測算法。
Q9:MegaBOLT支持腫瘤分析嗎?
MegaBOLT支持腫瘤/對照模式和單腫瘤模式,變異檢測使用Mutect算法。
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