基因大數(shù)據(jù)時代，在成本可控的情況下，快速產(chǎn)出高質(zhì)量測序數(shù)據(jù)是高通量、交付型實驗室追求的目標。以科學研究的基礎需求轉錄組測序為例，文庫批量制備過程中，往往需要多名實驗員同時開展工作，潛在的人員操作偏差可能對測序結果產(chǎn)生影響，人工成本也壓縮了利潤。在批量文庫制備過程中，引入自動化設備和技術，成為越來越多高通量、交付型實驗室的選擇。

圖1：MGISP-960高通量自動化建庫平臺

華大智造MGISP-960高通量自動化建庫平臺可同時對96例樣本進行自動化建庫，完美適用于高通量、交付型實驗室，在大幅度解放實驗室人力的同時，減少人工操作對實驗造成的影響，提高文庫制備穩(wěn)定性（圖1）。康測科技專注于高通量測序科研服務，為用戶提供專業(yè)化和高質(zhì)量的基因組、轉錄組、表觀遺傳學、互作組學和免疫組學的整體研究方案。為了提升交付效率與質(zhì)量，康測科技絕對定量轉錄組試劑盒在MGISP-960平臺進行了自動化建庫適配。

基于華大智造自動化建庫平臺MGISP-960，采用康測科技的絕對定量鏈特異性轉錄組文庫構建試劑盒（KCTM-Digital Stranded mRNA-seq Library Prep. Kit）。該試劑盒的流程高度優(yōu)化，采用數(shù)字標簽技術，單管操作簡化步驟，可以做到極低起始量建庫（圖2）。

圖2：康測絕對定量轉錄組建庫試劑盒自動化建庫實驗流程和優(yōu)勢

本文將對該試劑盒的自動化建庫方法進行測評。實驗過程中，以96samples/run的文庫構建為例，采用自動化建庫平臺MGISP-960只需~5h的操作時間。

盡管樣本數(shù)量會對產(chǎn)出略有影響，但不同批次的建庫產(chǎn)量相對穩(wěn)定，在相同實驗參數(shù)下，MGISP-960自動化文庫構建產(chǎn)出穩(wěn)定（圖3），產(chǎn)量皆＞1000 ng，與手工操作的產(chǎn)出相差不大（圖4）。同時，自動化建庫平臺文庫片段分布符合預設標準（~300 bp Insert DNA Size），各批次間保持一致（圖5），與手工操作無差異。

圖 3：康測絕對定量轉錄組文庫構建試劑盒在MGISP-960平臺中、高、低濃度樣本一致性對比

康測絕對定量轉錄組文庫構建試劑盒在 Manual/MGISP-960 平臺產(chǎn)出一致性高

圖 5：康測絕對定量文庫構建試劑盒在Manual/MGISP-960 片段分布大小基本一致。

圖5：Mean Insert DNA Size~300 bp。DNBSEQ-T7、PE150 測序模式。

圖3~5實驗參數(shù)：2μg human total RNA，搭配康測絕對定量轉錄組建庫試劑盒，16 cycles。

以康測絕對定量建庫試劑盒構建轉錄組文庫，起始量2 μg human total RNA，16 cycles，采用DNBSEQ-T7測序平臺，PE150 測序模式，下機數(shù)據(jù)統(tǒng)一截取 20 M read pair 分析，得到Q30>91%、比對率＞96 %、rRNA比例< 5%等優(yōu)秀指標（表1）。

表1：MGISP-960/Manual測序數(shù)據(jù)指標優(yōu)秀

同一項目中選取60個基因，使用康測絕對定量轉錄組建庫試劑盒建庫，手動和MGISP-960兩種方法得出的結果高度一致，皮爾遜相關系數(shù)R2達到0.985。（圖6）。

圖 6：Manual/MGISP-960 構建文庫基因差異表達檢出一致性佳

圖7：康測科技UMI絕對定量轉錄組技術原理

圖8：去除假陽性類型（左）及定量效果（右）

測評結論

基于MGISP-960平臺，康測絕對定量轉錄組文庫構建試劑盒在5小時內(nèi)即可制備多達96個高質(zhì)量文庫。相比手工建庫，自動化建庫效率更高、數(shù)據(jù)表現(xiàn)更穩(wěn)定，可生成高度均一的文庫。同時作為開放、可拓展的建庫設備，MGISP可適配不同類型的第三方試劑，為大規(guī)模的科研應用提供卓越的自動化建庫實驗平臺。