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賦能科研 | 華大智造DNBSEQ-T7助力開創(chuàng)“陰陽”編解碼系統(tǒng),解決DNA信息存儲難題

時間:2022-04-26作者:華大智造閱讀數(shù):5450分享

起源于幾千年前的中華“陰陽”思想,被應(yīng)用于今天的生物學(xué)技術(shù)領(lǐng)域,并可能逐步改變未來的大數(shù)據(jù)產(chǎn)業(yè)發(fā)展。這或許是中國科學(xué)家才能碰撞出的“科技+文化”火花。

4月25日,《自然-計算科學(xué)》(Nature Computational Science)發(fā)表華大研究成果,研究團(tuán)隊基于華大智造DNBSEQ-T7測序平臺開創(chuàng)了一套獨具優(yōu)勢的“陰陽”編解碼系統(tǒng),用以解決當(dāng)前DNA信息存儲領(lǐng)域的技術(shù)難題。


Nature Computational Science官網(wǎng)截圖


所有信息在計算機中只由二進(jìn)制的方式存儲,即0和1兩個數(shù)碼;


生物的遺傳信息則儲存在DNA中,以A、T、G、C四種堿基表現(xiàn)。


如果屏幕前的你是一位家長,在孩子學(xué)會這兩個知識點之后,或許可以引導(dǎo)他們思考:


倘若把信息語言的0和1,轉(zhuǎn)換為生物語言的ATGC,我們是不是就能把各類信息長久地保存在DNA中,讓DNA成為“完美”的存儲器了?


擅于把腦洞變?yōu)楝F(xiàn)實的科學(xué)家,已經(jīng)用實際研究成果對這個問題給出了樂觀的回答。



DNA憑什么碾壓現(xiàn)有信息存儲器?


我們正處在前所未有的信息大爆炸時代,據(jù)估算,2025年全球每天將產(chǎn)生491EB數(shù)據(jù)(1EB=1024PB,1PB=1024TB),相當(dāng)于每天制造出2億張DVD光盤。
隨著5G技術(shù)、大數(shù)據(jù)、人工智能等領(lǐng)域的蓬勃發(fā)展,海量數(shù)據(jù)如何長期穩(wěn)定存儲已成為亟待解決的一大難題,而以“BT+IT”融合的DNA信息存儲技術(shù),或能為這個問題提供更優(yōu)解,因此受到了越來越多的關(guān)注。
畢竟在存儲信息這件事上,DNA可以說是坐擁數(shù)十億年經(jīng)驗的資深前輩。相較于現(xiàn)有的U盤、硬盤、磁帶等介質(zhì),DNA具備無法比擬的優(yōu)勢:
1)超高的信息密度:2012年《科學(xué)》雜志文章指出,1克DNA理論上可以存儲455EB數(shù)據(jù),相當(dāng)于數(shù)千萬個1TB移動硬盤的大?。?/span>
2)超長的待機時間:DNA作為相對穩(wěn)定的分子,其半衰期長達(dá)521年,在理想狀態(tài)下甚至可保存成千上萬年;


科學(xué)家成功完成100萬年前猛犸象DNA測序


3)超強的生物兼容性:DNA作為絕大多數(shù)生物遺傳信息的載體,相對無機物、金屬等存儲介質(zhì)而言,具有更強的生物兼容性。
2019年,“DNA數(shù)據(jù)存儲器”入選《時代周刊》年度100項最佳發(fā)明。我們有理由相信,DNA憑借其獨家天然優(yōu)勢,在信息密度、復(fù)制與維護(hù)成本、使用壽命等方面都具有顛覆現(xiàn)有技術(shù)的巨大潛能。


研究10年,科學(xué)家們還有什么煩惱?


2012年開始,科學(xué)家們不斷進(jìn)行DNA信息存儲的相關(guān)嘗試。由于必須考慮與當(dāng)下合成測序技術(shù)的兼容性以及成本問題,前期DNA所能存儲的信息密度都較低。于是,科學(xué)家們聚焦于如何提升存儲的信息密度,也關(guān)注于生物技術(shù)兼容性問題,但仍不全面。


DNA存儲流程圖,與傳統(tǒng)信息存儲的“信息寫入-保存-讀取”步驟類似


一直到2017年,科學(xué)家引進(jìn)信息通信領(lǐng)域的編碼方法——噴泉碼,以條件過濾的方式篩選DNA序列,唯有滿足篩選條件方可進(jìn)行最終生成,基于此實現(xiàn)了對生物技術(shù)的兼容。
盡管DNA噴泉碼的誕生幾乎解決了此前的技術(shù)瓶頸,但實際應(yīng)用中也出現(xiàn)靈活性與適用性的問題。
一方面,噴泉碼技術(shù)的建立是基于通信技術(shù)領(lǐng)域的原理基礎(chǔ),對原始數(shù)據(jù)類型偏好較強(如需要01分布相對均勻等),因此面向生物與信息融合新興領(lǐng)域的DNA存儲技術(shù)應(yīng)用,存在一定的局限性。另一方面,通信領(lǐng)域的信號傳輸是即時的、可及時糾錯的,而生物領(lǐng)域的DNA分子存儲是異步異時的,一旦發(fā)生部分信息丟失或錯誤,便存在原有信息無法恢復(fù)的風(fēng)險。
如何在保證信息轉(zhuǎn)換效率和技術(shù)兼容的同時,大幅提高信息恢復(fù)的穩(wěn)定性?毋庸置疑,技術(shù)需要進(jìn)一步發(fā)展。


以中華“陰陽”思想,解DNA存儲難題


面對DNA存儲中編解碼系統(tǒng)存在的棘手問題,深圳華大生命科學(xué)研究院(以下簡稱“華大研究院”)提供了全新的解決思路。中國科學(xué)家讓人驚喜的地方,在于能夠把我們引以為豪的古代哲學(xué)思想,融會貫通應(yīng)用到現(xiàn)代生物學(xué)之中,并期待以之解決未來世界的難題。
4月25日,華大研究院、深圳國家基因庫等多家機構(gòu)的研究團(tuán)隊聯(lián)合在《自然》(Nature)子刊《自然-計算科學(xué)》發(fā)表研究論文。研究團(tuán)隊結(jié)合DNA雙鏈模型,從中華文化中“陰陽”對立統(tǒng)一的思想獲得靈感,基于華大智造DNBSEQ-T7測序平臺開創(chuàng)了一套名為“陰陽”的比特-堿基編解碼系統(tǒng),驗證了該系統(tǒng)在信息密度、技術(shù)兼容性、數(shù)據(jù)恢復(fù)穩(wěn)定性等多方面的優(yōu)勢。
陰陽哲理博大精深,其特點可簡單概括為統(tǒng)一、對立和互化。研究院團(tuán)隊將其巧妙應(yīng)用到DNA編解碼系統(tǒng)當(dāng)中,以兩套不同的規(guī)則,分別對兩條二進(jìn)制信息進(jìn)行“一對一”編譯轉(zhuǎn)換,再取兩者統(tǒng)一交集的部分為最終解,實現(xiàn)將兩條獨立的信息組合統(tǒng)一為一串DNA序列。



“陰陽”編解碼規(guī)則示意圖


機智的朋友可能會問,人工合成的DNA要保存在哪?目前,常用的保存方法分為體內(nèi)和體外兩種模式,兩者孰優(yōu)孰劣尚未形成明確定論。為了全方位驗證“陰陽”系統(tǒng)的信息恢復(fù)穩(wěn)定性,華大研究院團(tuán)隊通過體外DNA干粉和細(xì)胞體內(nèi)大片段兩種存儲環(huán)境進(jìn)行測試,皆實現(xiàn)了原始存儲數(shù)據(jù)的完整恢復(fù)。


體外模式,研究團(tuán)隊采用不同濃度的原始DNA文庫溶液進(jìn)行了共200多組測試。結(jié)果證明,“陰陽”編碼采用的線性數(shù)據(jù)恢復(fù)模式在每種DNA分子的平均拷貝數(shù)僅有100時,仍然能恢復(fù)最高88%的原始數(shù)據(jù)。而DNA噴泉碼使用的編碼方式使得每個數(shù)據(jù)包間存在一定的拓?fù)潢P(guān)聯(lián),在同樣條件下,平均恢復(fù)率僅有1.3%。


另一方面,研究將信息存在了酵母活細(xì)胞的體內(nèi),酵母菌株經(jīng)過1000代以上傳代之后,信息仍可以被完美恢復(fù)。這在一定程度上意味著,利用活體細(xì)胞作為DNA存儲的載體,上千年后原始信息或仍能被解讀。這樣的存儲方式可以得到接近于天然DNA分子存儲理論極限的物理信息密度,每克DNA能存儲的信息量約為432.2 EB。



華大研究團(tuán)隊曾將《開國大典》影片存儲于DNA中從起步至今短短十年時間,DNA信息存儲領(lǐng)域已取得不少令人矚目的研究成果,包括檢索、修改等高級功能也已完成原理驗證性的測試,以微軟、谷歌等產(chǎn)業(yè)巨頭形成的DNA存儲聯(lián)盟更是在為其商業(yè)化廣泛合作蓄勢。


華大智造的DNBSEQ測序技術(shù)將不斷助力全球科研機構(gòu)、數(shù)字信息產(chǎn)業(yè)界的突破,相信在不遠(yuǎn)的未來,“DNA硬盤”將成為我們?nèi)粘I钪斜夭豢缮俚臄?shù)據(jù)存儲設(shè)備之一。


該研究由深圳華大生命科學(xué)研究院主導(dǎo),深圳國家基因庫、首都師范大學(xué)、美國哈佛大學(xué)等多個研究團(tuán)隊共同參與。華大研究院平質(zhì)博士為論文第一作者,華大研究院沈玥研究員、徐訊研究員與哈佛大學(xué)George M. Church教授為論文的共同通訊作者。


該研究受到國家重點研發(fā)計劃(2021YFF1200100、2020YFA0712100)、國家青年科學(xué)基金(32101182)、廣東省高通量基因組測序與合成編輯應(yīng)用重點實驗室(2017B030301011)、深圳合成生物學(xué)創(chuàng)新研究院等項目支持。本研究已通過倫理審查,嚴(yán)格遵循相應(yīng)法規(guī)和倫理準(zhǔn)則。

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