高通量測序技術(shù)在腫瘤領(lǐng)域發(fā)揮著越來越重要的作用。華大智造發(fā)布的最新款基因測序儀DNBSEQ-G99，以其速度快、操作簡單、上機(jī)靈活的強(qiáng)勁優(yōu)勢，在腫瘤領(lǐng)域掀起了一場“速度颶風(fēng)”。

作為G99的早期用戶, 世和基因采用三款自研的全景多基因腫瘤Panel對包括G99在內(nèi)的五款測序儀進(jìn)行了橫向測評。世和基因是中國腫瘤精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的倡行者，現(xiàn)已累計(jì)檢測腫瘤樣本數(shù)十萬例，并配備了多平臺多型號高通量測序系統(tǒng)。9月26日，世和基因生信科學(xué)家朱淼博士在華大智造舉辦的用戶分享會中對此進(jìn)行了精彩分享。

在這次早期測評中，世和基因選用了不同類型的腫瘤樣本，包括WBC(白細(xì)胞)樣本（13例）、FFPE(組織)樣本（92例）及Plasma（血漿）樣本（15例），樣本量總計(jì)120例。根據(jù)樣本類型和Panel特點(diǎn)，測評團(tuán)隊(duì)對其中的26例樣本采用了Panel A進(jìn)行了樣本前處理和測序文庫制備等操作，另外的94例樣本則對半采用了Panel B 和Panel C 進(jìn)行建庫。通過將樣本及其對應(yīng)的文庫在五款測序儀的上機(jī)測序，并基于現(xiàn)有平臺的生信算法進(jìn)行分析，世和基因?qū)Χ嗫钇脚_在腫瘤變異檢測方向的性能差異進(jìn)行了綜合比較。結(jié)果表明：G99平臺在腫瘤方向上的測序數(shù)據(jù)產(chǎn)出質(zhì)量高且平臺間一致性高、測序錯(cuò)誤率低且平臺間轉(zhuǎn)換性高、突變檢出一致性高。

表1：世和基因G99測評方案

注：MGISEQ-200*（update）特指華大智造在2022年6月對MGISEQ-200進(jìn)行全面升級后的版本

測評結(jié)論

01G99數(shù)據(jù)產(chǎn)出質(zhì)量高，平臺間一致性高

從各平臺的下機(jī)數(shù)據(jù)來看，G99的Q30值是最高的，平均可達(dá)93.23%，這表明G99的數(shù)據(jù)產(chǎn)出質(zhì)量高?！癎99每張載片的Total Reads能達(dá)到100-120M左右”，朱淼博士表示，“相比于本次測評中其他平臺的測序載片平均500M Reads以上的有效Reads數(shù)而言，G99更能滿足少量腫瘤樣本也可隨到隨測的需求，使得我們在腫瘤方向上的應(yīng)用場景更加靈活?！?/span>

表2：數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計(jì)

此外，對下機(jī)數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控的結(jié)果顯示：3款Panel的FOLD 80、On Target比例、GC含量等指標(biāo)在各測序平臺間無顯著差異，而且G99的平均深度略高于其它平臺。這表明G99的平臺間一致性高，并且G99的測序覆蓋度在各個(gè)Panel的覆蓋更均一。

測評結(jié)論02

G99測序錯(cuò)誤率低，平臺間轉(zhuǎn)換性高

根據(jù)測序錯(cuò)誤率的統(tǒng)計(jì)分析以及3款Panel的整合結(jié)果顯示，G99整體錯(cuò)誤率是最低的。從IGV比對文件中，我們可以看到：G99平臺在測序錯(cuò)誤率方面的表現(xiàn)非常出色。這說明G99的測序Bais低，而且對其他平臺的生信算法也能夠很好地進(jìn)行適配，平臺間的可轉(zhuǎn)換性更高。

測評結(jié)論03

G99突變檢出一致性高

通過CNV一致性統(tǒng)計(jì)結(jié)果顯示：G99與世和基因現(xiàn)有測序平臺的CNV檢出率表現(xiàn)高度一致，并且在重要的基因擴(kuò)增中檢出表現(xiàn)一致；已發(fā)現(xiàn)的少量檢出不一致可以從生信層面提供大量的數(shù)據(jù)訓(xùn)練對相關(guān)判定閾值進(jìn)行適當(dāng)調(diào)整和改進(jìn)。

總結(jié)

作為中小通量基因測序儀的“速度王者”，DNBSEQ-G99不僅簡單靈活，而且測序質(zhì)量和性能也非常給力。通過世和基因?qū)Χ嗫钇脚_的橫向比較，我們可以看到，G99在腫瘤方向的數(shù)據(jù)產(chǎn)出和樣本質(zhì)控結(jié)果表現(xiàn)優(yōu)秀，突變檢出一致性高，平臺間一致性高、可轉(zhuǎn)換性高，為腫瘤高通量測序提供了強(qiáng)有力的工具支撐和平臺支撐。

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