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在基因組學(xué)研究中，長短片段相結(jié)合、多種測序技術(shù)齊上陣已成為趨勢。而華大智造自主研發(fā)的stLFR技術(shù)集短片段與長片段優(yōu)勢于一身，擁有強(qiáng)大的性能和廣泛的應(yīng)用場景。

為什么需要LFR

短讀長測序有諸多優(yōu)勢，是目前應(yīng)用最廣泛的測序方法。但在組學(xué)研究中，也需要長片段構(gòu)建的基因組圖譜、大型結(jié)構(gòu)變異檢測、高度同源基因研究、單倍體型分析等信息。

stLFR技術(shù)原理

華大智造自主研發(fā)的stLFR技術(shù)是一項基于高精度短讀測序方法獲取長片段DNA信息的創(chuàng)新技術(shù)。該技術(shù)僅需單管操作，從已提取好的長片段DNA起始，將轉(zhuǎn)座子序列隨機(jī)插入至長片段DNA中，然后利用一段夾板引物將轉(zhuǎn)座子與帶有多拷貝分子標(biāo)簽的磁珠載體結(jié)合，再引入第二個接頭后進(jìn)行PCR擴(kuò)增和環(huán)化，最終完成文庫構(gòu)建，進(jìn)行高通量測序。

stLFR獨(dú)特優(yōu)勢

由于同時兼顧長讀長及短讀長的測序優(yōu)勢，stLFR不僅能夠獲取全面的長片段DNA信息（10kb-300kb），還可以通過一次檢測獲得各種類型的變異信息（包括SNP、InDel、CNV和SV），同時對于高度同源的基因組，也能夠獲得更好的比對效果。

stLFR用戶數(shù)據(jù)

stLFR技術(shù)自面世以來受到用戶的廣泛歡迎，在臨床探索及科學(xué)研究中解決了很多實際問題。尤其在腫瘤研究、人人基因組及動植物De novo等領(lǐng)域，能夠高效、高質(zhì)量、低成本升級現(xiàn)有產(chǎn)品。

》》基于stLFR技術(shù)的腫瘤樣本檢測

在對腫瘤樣本進(jìn)行RNA測序時發(fā)現(xiàn)IRF4 intron5 和BLOC1S5的Exon5存在結(jié)構(gòu)變異，推測chr6上有可能發(fā)生倒位，因而想在DNA層面進(jìn)行驗證。由于樣本很珍貴，只有ng級別，且樣本嚴(yán)重降解，單分子測序技術(shù)或納米孔測序技術(shù)對樣本起始量要求較高（需要ug級別），對于此類樣本往往束手無策。而華大智造的stLFR技術(shù)只需1.5ng即可滿足建庫需求。因此，采用了stLFR技術(shù)對其進(jìn)行驗證，而結(jié)果也證實：該結(jié)構(gòu)變異確實是由于chr6的398104-8014571位置發(fā)生了倒位而引起的。

》》人人基因組

采用高深度stLFR+低深度ONT技術(shù)進(jìn)行人基因組組裝，能夠獲得高質(zhì)量高精度的個人基因組數(shù)據(jù)。目前業(yè)內(nèi)對于人類基因組測序的“金標(biāo)準(zhǔn)”是“676”，指的是序列拼接的contig長度達(dá)到10的6次方，序列拼接的scaffold長度達(dá)到10的7次方，人類雙倍體基因組共6G基因序列能夠做到單倍體定相。即：

· Contig N50＞10⁶ bp

· Scaffold N50＞10⁷ bp

· 組裝全基因組數(shù)據(jù)＞6G

》》動植物De novo

近期在bioRxiv上發(fā)表的一項研究顯示，對比常規(guī)的長讀長為主、短讀長為輔的組裝方法，使用stLFR技術(shù)為主、長讀長為輔的方法也能夠獲得類似的組裝效果，而成本僅為常規(guī)方法的五分之一。研究同時對比了不同組裝結(jié)果的準(zhǔn)確性，結(jié)果顯示使用stLFR技術(shù)，indel以及mismatches的錯誤率均是最低的。因此，在動植物領(lǐng)域，相較于傳統(tǒng)方法，使用stLFR技術(shù)能夠用極低成本獲得相同質(zhì)量數(shù)據(jù)，且結(jié)果更準(zhǔn)確。