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AGBT2020:CoolMPS測(cè)序數(shù)據(jù)披露,海外用戶高度認(rèn)可華大智造DNBSEQ測(cè)序平臺(tái)

時(shí)間:2020-02-27作者:華大智造閱讀數(shù):6477分享

美國(guó)時(shí)間2月26日,在基因測(cè)序技術(shù)領(lǐng)域的全球盛會(huì)Advances in Genome Biology and Technology (AGBT)上,華大智造首席科學(xué)家Rade Drmanac博士聯(lián)合多位海外科學(xué)家共同分享了基于DNBSEQ測(cè)序平臺(tái)上的CoolMPS?測(cè)序數(shù)據(jù)。



CoolMPS?是DNBSEQ平臺(tái)上首款基于抗體的大規(guī)模平行測(cè)序試劑,它利用天然堿基來(lái)進(jìn)行更清晰的堿基識(shí)別,有效避免傳統(tǒng)測(cè)序方法中的DNA“疤痕”積聚對(duì)后續(xù)讀取準(zhǔn)確性的影響,實(shí)現(xiàn)更準(zhǔn)確和更長(zhǎng)的測(cè)序。該方法使得在每個(gè)測(cè)序循環(huán)中,與抗體相連的多個(gè)熒光染料分子能提供更高的信噪比;同時(shí)結(jié)合天然堿基,每個(gè)測(cè)序循環(huán)之間沒(méi)有干擾,錯(cuò)誤率低。


CoolMPS高通量測(cè)序試劑套裝


華大智造首席科學(xué)家Rade Drmanac博士表示凝聚獨(dú)特的DNB文庫(kù)技術(shù)、低深度高精度的PCR-free技術(shù)、Patterned Array規(guī)則陣列技術(shù),以及本次推出的基于抗體技術(shù)的CoolMPS?方法,有望重新定義大規(guī)模平行測(cè)序(MPS, Massively Parallel Sequencing),盡快實(shí)現(xiàn)百萬(wàn)基因組測(cè)序,邁入人人基因組時(shí)代。



華大智造首席科學(xué)家Rade Drmanac博士在AGBT上發(fā)表演講


華大智造DNBSEQ測(cè)序平臺(tái)獲海外用戶高度認(rèn)可


英國(guó)癌癥研究所腫瘤分析團(tuán)隊(duì)(the Tumour Profiling Unit at the Institute of Cancer Research in the UK)的Nik Matthews博士,基于華大智造DNBSEQ-G400測(cè)序平臺(tái),分別利用StandardMPS和CoolMPS測(cè)序反應(yīng)通用試劑套裝,進(jìn)行了WGS全基因組分析。



Q30提升

“這完全讓我感到震驚?!盢ik說(shuō),“當(dāng)我第一次看到數(shù)據(jù)結(jié)果時(shí),我才發(fā)現(xiàn),原來(lái)僅將測(cè)序試劑的化學(xué)方法更換為CoolMPS版本,就可以進(jìn)一步提高Q30、降低錯(cuò)誤率,也就是說(shuō),通過(guò)‘幾乎不做任何事情’,就獲得了更多的數(shù)據(jù),這太酷了?!?


錯(cuò)誤率進(jìn)一步降低


加拿大卑詩(shī)省癌癥研究所(BC Cancer Agency)邁克爾史密斯基因組科學(xué)中心(Genome Sciences Centre,GSC)副主任、生物信息學(xué)負(fù)責(zé)人Steven Jones博士在他的實(shí)驗(yàn)室利用DNBSEQ?平臺(tái)展開(kāi)了一系列針對(duì)腫瘤樣本的研究工作,包括WGS,RNA和單細(xì)胞ATAC測(cè)序。


通過(guò)對(duì)比分析基于華大智造DNBSEQ-G400和Illumina HiSeq的下機(jī)數(shù)據(jù),Steven博士表示:數(shù)據(jù)表明腫瘤基因組分析結(jié)果在不同平臺(tái)間“基本一致”。特別是基于華大智造DNBSEQ-G400的PCR-free方法獲得的WGS數(shù)據(jù),在15X的測(cè)序深度就可以達(dá)到傳統(tǒng)的PCR WGS 30X的數(shù)據(jù)質(zhì)量,重復(fù)讀取的次數(shù)則更少、產(chǎn)生的有效數(shù)據(jù)更多,更具成本效益。



蒙特利爾麥吉爾大學(xué)(McGill University)的基因組學(xué)負(fù)責(zé)人Jiannis Ragoussis教授在AGBT發(fā)表了關(guān)于在DNBSEQ-G400上評(píng)估單細(xì)胞RNA測(cè)序性能表現(xiàn)的主題演講,并將該數(shù)據(jù)與Illumina NovaSeq 6000進(jìn)行了比較。

 

結(jié)果表明,MGI DNBSEQ-G400和Illumina NovaSeq 6000這兩個(gè)平臺(tái)之間的性能可比,數(shù)據(jù)相似,而MGI DNBSEQ-400實(shí)際上更加靈活且實(shí)用?!盎贛GI平臺(tái),我們以可控的測(cè)序成本,獲得了更多的reads數(shù)。我們不再囿于昂貴的試劑耗材而不得不混合多個(gè)文庫(kù)。”




高性能產(chǎn)品   滿足用戶更高要求


PCR-Free是華大智造在2019年推出的一款文庫(kù)制備技術(shù),在測(cè)序全流程無(wú)PCR擴(kuò)增,使用1μg 基因組DNA僅需3.5個(gè)小時(shí)就能獲得高準(zhǔn)確度的全基因組文庫(kù)。相比于傳統(tǒng)個(gè)人全基因組測(cè)序(WGS),利用MGIEasy PCR-Free DNA文庫(kù)制備試劑套裝獲得的變異檢測(cè)性能,尤其是InDel檢測(cè)靈敏度和準(zhǔn)確性等方面已達(dá)到業(yè)界領(lǐng)先水平,無(wú)PCR擴(kuò)增錯(cuò)誤累積,基因組覆蓋均一性好,變異檢測(cè)性能優(yōu)。

 

華大智造將在DNBSEQ G系列和T系列測(cè)序儀上陸續(xù)提供CoolMPS測(cè)序試劑盒,這項(xiàng)創(chuàng)新產(chǎn)品的發(fā)布和上市,將更好地滿足用戶需求,為科學(xué)研究和產(chǎn)業(yè)發(fā)展提供性能更高、質(zhì)量更穩(wěn)定、數(shù)據(jù)更精準(zhǔn)的測(cè)序平臺(tái)。

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