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科研快訊 | MGISEQ-200助力新冠病毒轉錄組結構研究

時間:2020-03-18作者:華大智造閱讀數(shù):9075分享
3月15日,韓國基礎科學研究所 (IBS, Institute of Basic Science) RNA 研究中心聯(lián)合國立首爾大學 (Seoul National University)和韓國疾病預防控制中心(Korea Centers for Disease Control & Prevention)利用華大智造DNBSEQ 技術聯(lián)合 Nanopore 單分子測序技術,對新冠病毒感染的Vero細胞總RNA進行了分析,并結合以往研究給出了新冠病毒轉錄組和表觀轉錄組的高清圖譜。


圖1 MGISEQ-200在韓國基礎科學研究所RNA研究中心


測序數(shù)據(jù)顯示,華大智造 MGISEQ-200 平臺的測序深度更高,相比單分子測序技術,可以對病毒基因組進行更高深度覆蓋(圖1-D),能夠在更精細水平上研究基因組。



圖2 不同平臺測序數(shù)據(jù)分布及其基因組覆蓋度(其中圖A和圖B基于Nanopore平臺,圖C和圖D基于華大智造DNBSEQ平臺)

此外,研究者還發(fā)現(xiàn)新冠病毒使用經(jīng)典的 TRS(Transcription-Regulating Sequence,轉錄調(diào)控序列)介導的機制產(chǎn)生大部分sgRNA(subgenomic RNA,亞基因組RNA)(圖2-D),但同時發(fā)現(xiàn)了很多與TRS介導的重組不同的非經(jīng)典重組事件 (圖2-E, 2-F, 2-G)。



圖3 新冠病毒的經(jīng)典重組與非經(jīng)典重組位點


作為國產(chǎn)測序平臺之一,MGISEQ-200以其小巧、靈活、應用廣泛的特點,在本次抗疫工作中表現(xiàn)不俗,不僅在疫情早期助力疾控單位完成新冠病毒全長組裝,而且還在后續(xù)的科學研究中發(fā)揮了重要作用。


圖4 MGISEQ-200


目前華大智造正在進行 MGISEQ-200 升級工作,能更加靈活地滿足快檢應用和科研應用的需要,將從之前唯一的測序載片 FC(300M)升級為FCL(500M)和 FCS(100M),繼續(xù)為新冠病毒后續(xù)的科學研究提供更多助力。


【注:MGISEQ-200已在海外部分國家和地區(qū)更名為DNBSEQ-G50】
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