MGISEQ-2000自推出以來，以其卓越的性能表現(xiàn)及超高性價比，被稱為測序平臺中的性能之王。今天給大家?guī)淼氖羌{昂達(dá)科技基于MGISEQ-2000平臺的NadPrep for MGI + IDT Exome v2整體測評。

背景

對基因組DNA樣本Y1、Y2樣本采取NadPrep for MGI_UDI + IDT Exome v2的捕獲測序平臺，然后將同一捕獲文庫在HiSeq X Ten平臺及MGISEQ-2000平臺分別進(jìn)行測評。

? 捕獲方法：IDT Exome v2

? 建庫方法：納昂達(dá)NadPrep for MGI_UDI

? 測序平臺：MGISEQ-2000，HiSeq X Ten

? 測序試劑：CoolMPS 高通量測序試劑套裝（MGISEQ-2000RS FCL PE100），HiSeq X Ten測序試劑盒（HiSeq X Ten Reagent Kit v2.5）

測評1：有效覆蓋深度

將測序數(shù)據(jù)直接比對到UCSC的hg38參考基因組后，分析去重后覆蓋深度，如圖1所示。結(jié)果表明：采用CoolMPS測序試劑套裝的MGISEQ-2000的有效覆蓋深度上相對更高。

圖1 IDT Exome v2在HiSeq X Ten平臺及MGISEQ-2000平臺的平均覆蓋深度

分別用NadPrep for MGI對Y1、Y2建庫后進(jìn)行雜交捕獲，同一雜交文庫分別采用MGISEQ-2000 CoolMPS（PE100, ECR4.0）和HiSeq X Ten (PE150)進(jìn)行測序，取5 Gb數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。

此外，通過此次測評，我們也驚喜地發(fā)現(xiàn)，采用CoolMPS測序試劑套裝的MGISEQ-2000在GC-rich區(qū)域的表現(xiàn)得到了一定程度的整體提升，如圖2所示。分別用NadPrep for MGI對Y1、Y2建庫后進(jìn)行雜交捕獲，同一雜交文庫分別采用CoolMPS（PE100, ECR4.0）及StandardMPS（PE150, ECR4.0）進(jìn)行測序，取5 Gb數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。

同一 IDT Exome v2 捕獲后文庫，在MGISEQ-2000平臺上分別采用CoolMPS和StandardMPS測序試劑套裝測序后，對GC偏好性進(jìn)行了分析，如圖2所示。

圖2 IDT Exome v2在MGISEQ-2000平臺CoolMPS和StandardMPS測序試劑套裝下的GC偏好性

A. 相同探針區(qū)域在測序數(shù)據(jù)中覆蓋深度的比較。顏色代表探針GC含量。

B. 不同GC含量區(qū)域覆蓋。

測評2：重復(fù)堿基讀取能力 

以微衛(wèi)星區(qū)域的Soft clip reads比例對兩個平臺的重復(fù)堿基讀取能力進(jìn)行測評。所謂微衛(wèi)星不穩(wěn)定，即微衛(wèi)星位點(diǎn)發(fā)生重復(fù)堿基的插入和缺失，其所包含的簡單重復(fù)序列對測序提出了挑戰(zhàn)。因模板滑動現(xiàn)象，測序讀長通過重復(fù)序列后堿基質(zhì)量可能會迅速下降，造成后面的讀長難以比對而被比對軟件軟切除（Soft clip）。與illumina平臺的橋式PCR不同，MGI平臺采用DNA納米球測序技術(shù)生成測序模板。兩個平臺對于簡單重復(fù)序列的讀取因此可能存在差異。

由于本次測評存在PE150(HiSeq X Ten）和PE100(MGISEQ-2000)的測序讀長差異，我們將PE150截取前100個堿基，模擬PE100：取用MGISEQ-2000 PE100的原始下機(jī)數(shù)據(jù)，對HiSeq X Ten PE150下機(jī)數(shù)據(jù)取前100堿基，直接比對到UCSC的hg19參考基因組。

考慮到經(jīng)典微衛(wèi)星位點(diǎn)多為一定長度的A/T的單堿基重復(fù)，此處使用超過15 nt的A/T重復(fù)的微衛(wèi)星位點(diǎn)對比同一個樣本在不同平臺下的Soft clip reads占比差別。

結(jié)果如圖3所示，與HiSeq X Ten相比，MGISEQ-2000相對更有優(yōu)勢。

圖3 不同測序平臺與測序試劑微衛(wèi)星位點(diǎn)的Soft clip reads占比

微衛(wèi)星篩選標(biāo)準(zhǔn)如下：A/T >=15 bp。數(shù)據(jù)比對后的bam中的Soft clip reads相對微衛(wèi)星區(qū)域總reads數(shù)的比率。PE*100 原始PE150取前100堿基。

測評總結(jié)

通過對NadPrep for MGI + IDT Exome v2整體解決方法在多平臺的測評，充分顯示了MGISEQ-2000對重復(fù)堿基的讀取優(yōu)勢及其測序試劑（CoolMPS測序試劑套裝）對高GC含量區(qū)域的讀取改進(jìn)。

納昂達(dá)將在5月份推出NadPrep for MGI-UDI建庫平臺及高效的封阻序列NadPrep NanoBlockers (for MGI, DI)。UDI（Unique dual index, UDI）的引入將克服靶向測序全流程中潛在串?dāng)_的問題，實(shí)現(xiàn)MGI平臺在更多場景下的應(yīng)用。