近日,中國(guó)疾控中心周刊(China CDC Weekly)在最新一期刊登的文章中稱(chēng),2020年12月14日,我國(guó)海關(guān)實(shí)驗(yàn)室監(jiān)測(cè)到一名坐飛機(jī)從境外返回的23歲女性新冠感染者,通過(guò)檢測(cè)發(fā)現(xiàn),該病例感染了新變種的新冠毒株。
值得一提的是,此次助力發(fā)現(xiàn)我國(guó)首例境外變種新冠毒株的測(cè)序平臺(tái)是華大智造自主研發(fā)的一款小巧靈活、性能強(qiáng)勁的高通量測(cè)序儀——MGISEQ-200。
中國(guó)疾控中心周刊
根據(jù)近日多方披露的研究數(shù)據(jù),從境外開(kāi)始流行的這種新病毒株的傳播能力預(yù)計(jì)比普通病毒株至少要高出50%。盡管目前尚無(wú)證據(jù)表明這種新的病毒株更加致命或者會(huì)引起更嚴(yán)重的疾病,但其仍被認(rèn)為是對(duì)中國(guó)預(yù)控新冠疫情構(gòu)成巨大的潛在威脅。
據(jù)了解,中國(guó)疾控對(duì)所有病毒株都有系統(tǒng)監(jiān)測(cè),在檢測(cè)到第一株VOC毒株后就已上報(bào),并在中國(guó)疾控官方雜志China CDC Weekly(中國(guó)疾控周報(bào))中向全球發(fā)布。據(jù)披露,疾控中心對(duì)該患者的核酸樣本以多重PCR方法建庫(kù),并使用華大智造高通量測(cè)序平臺(tái)MGISEQ-200對(duì)病毒核酸文庫(kù)進(jìn)行深度測(cè)序。
通過(guò)對(duì)MGISEQ-200的測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行生信分析,研究人員發(fā)現(xiàn),該毒株與11月份監(jiān)測(cè)到的毒株不同,顯示32個(gè)核苷酸變異位點(diǎn),通過(guò)進(jìn)一步對(duì)比發(fā)現(xiàn),該患者感染的毒株基因序列中包含了10月下旬開(kāi)始在境外流行的VUI202012/01新病毒株中所有的28個(gè)變異點(diǎn)位,其中包括刺突蛋白中的3個(gè)氨基酸缺失和7個(gè)氨基酸突變。
基于MGISEQ-200的測(cè)序數(shù)據(jù)和流行病學(xué)調(diào)查結(jié)果,國(guó)家疾控將此境外輸入性病例定義為中國(guó)監(jiān)測(cè)到的首例英國(guó)變種VUI202012/01病毒株,并加強(qiáng)了對(duì)患者密切接觸的調(diào)查和對(duì)相關(guān)場(chǎng)所的消殺。
基于MGISEQ-200測(cè)序數(shù)據(jù)組裝的COVID-19全基因組序列系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)。境外變異毒株種系VUI-202012/01變體以深綠色突出顯示,上海首次檢測(cè)到的VUI-202012/01變體以紅點(diǎn)表示
新冠病毒的不斷變異是當(dāng)前全球面對(duì)的一大挑戰(zhàn),華大智造自主研發(fā)的高通量測(cè)序儀以其高深度、高精度的特性,可以對(duì)病原全基因組序列進(jìn)行深度測(cè)序,找到病毒突變位點(diǎn),辨明病毒身份,從而找到病毒來(lái)源。
華大智造MGISEQ-200是一款小巧靈活且性能強(qiáng)勁的高通量測(cè)序儀,它可以完美適配病原檢測(cè)、組裝以及溯源等應(yīng)用,滿足對(duì)疾病精準(zhǔn)防控的需求。此外,該測(cè)序平臺(tái)現(xiàn)已推出全新配置,支持更多極端文庫(kù)測(cè)序,大幅提升測(cè)序速度。
目前,MGISEQ-200已入駐全球多個(gè)國(guó)家海關(guān)實(shí)驗(yàn)室、疾病預(yù)防控制中心,為疫情一線提供了關(guān)鍵性支持。