全基因組測(cè)序的重要性大家都很了解啦，在 WGS 樣本預(yù)處理階段，只要起始量允許，一旦用過(guò) PCR-Free 建庫(kù)方法，體會(huì)過(guò)更好的變異檢測(cè)性、更少的步驟、更短的時(shí)間，你就知道再也回不去了。PCR-Free 優(yōu)勢(shì)多多，但面對(duì)酶切法和物理法這兩種打斷方式，要如何作選擇呢？

如果你有和我一樣的需求：

實(shí)驗(yàn)室沒(méi)打斷儀，沒(méi)法玩呀

儀器太舊了，動(dòng)不動(dòng)就要維修

這么多樣本，我什么時(shí)候才能打斷完

要是能從樣本開(kāi)始就自動(dòng)化該有多好啊~

那么酶切法 PCR-Free 就是你的不二選擇，MGIEasy 酶切 PCR-Free 建庫(kù)試劑套裝可以極好地滿足所有這些需求。

繼物理法試劑套裝之后，華大智造再次推出了基于 MGI 高通量測(cè)序平臺(tái)的 MGIEasy 酶切 PCR-Free DNA 文庫(kù)制備試劑套裝。套裝中含有高質(zhì)量、低偏差的打斷酶，無(wú)需額外的打斷設(shè)備，便可以快速將基因組 DNA 打斷成片段化 DNA 進(jìn)行建庫(kù)和測(cè)序，其檢測(cè)性能與物理法的 PCR-Free 性能相似。該套裝與華大智造獨(dú)有的 DNBSEQ? 測(cè)序技術(shù)相結(jié)合，全檢測(cè)流程無(wú)需 PCR 擴(kuò)增步驟，實(shí)現(xiàn)了真正的 error free 。

MGIEasy酶切PCR-Free DNA文庫(kù)制備套裝的亮點(diǎn)

· 亮點(diǎn)一 ：酶切打斷兼容性好

經(jīng)過(guò)測(cè)試，該試劑套裝對(duì)不同物種，不同類(lèi)型樣本，不同的投入量樣本，使用相同的實(shí)驗(yàn)條件，均能獲得條帶集中的片段產(chǎn)物,滿足后續(xù)建庫(kù)和測(cè)序的要求。

圖1 不同物種和不同投入量樣本的酶切打斷及片選后，片段產(chǎn)物的 2100 示意圖

選擇不同物種，細(xì)菌、小鼠、宏基因組、水稻各1000 ng gDNA 為起始量；人標(biāo)準(zhǔn)品 NA12878 分別1000 ng、500 ng、200 ng 為起始量，

采用 MGIEasy 酶切 PCR-Free DNA文庫(kù)制備套裝， 在相同的酶切打斷條件下打斷，可以得到主帶分布較一致且集中的 DNA 片段產(chǎn)物。

· 亮點(diǎn)二 ：操作步驟簡(jiǎn)單，可實(shí)現(xiàn)全自動(dòng)化建庫(kù)流程酶切法 PCR-Free

操作步驟簡(jiǎn)單，僅需 4.5 小時(shí)即可完成文庫(kù)制備流程。與 MGISP 系列樣本處理系統(tǒng)結(jié)合使用，可大幅縮短手工操作時(shí)間，實(shí)現(xiàn)更高通量的樣本處理。

圖2  基于酶切PCR-Free的自動(dòng)化建庫(kù)流程示意圖

· 亮點(diǎn)三 ：更準(zhǔn)確的物種檢測(cè)豐度

對(duì)宏基因組樣本進(jìn)行檢測(cè)，酶切法 PCR-Free 對(duì)物種豐度的檢測(cè)更為準(zhǔn)確，更為靠近樣本真實(shí)組成。

圖3 不同建庫(kù)方法對(duì) Mock 樣本中物種豐度的比較

使用模擬宏基因組樣本（6種不同GC含量菌按一定比例混合），分別使用酶切法PCR-Free和物理法PCR-Free，

傳統(tǒng)的物理法PCR進(jìn)行建庫(kù)。MGISEQ-2000, PE150測(cè)序。截取5G的數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。

· 亮點(diǎn)四：檢測(cè)性能均達(dá)到物理法相似水平

酶切法 PCR-Free 變異檢測(cè)性能和物理法 PCR-Free 性能相近。SNP 的變異檢測(cè)性能達(dá)到物理法 PCR-Free、酶切法 PCR 和競(jìng)品 PCR-Free 相同的水平；InDel 的變異檢測(cè)性能，達(dá)到物理法 PCR-Free 的相似水平，明顯優(yōu)于傳統(tǒng)的酶切 PCR 的性能及競(jìng)品的 PCR-Free。

圖4 比較酶切法 PCR-free 和其他 WGS

建庫(kù)方法的變異檢測(cè)性能樣本均為 NA12878，H PCR-Free 是競(jìng)品物理法 PCR-free 在H平臺(tái)PE150測(cè)序（官方公布數(shù)據(jù)）截取30X 的數(shù)據(jù)，

MGISEQ-2000 PCR-Free、MGISEQ-2000 酶切PCR、MGISEQ-2000 酶切 PCR-Free 分別是用 MGIEasy PCR-Free DNA 文庫(kù)制備試劑套裝、MGIEasy 酶切 DNA 文庫(kù)

制備試劑套裝、MGIEasy 酶切 PCR-Free DNA 文庫(kù)制備試劑套裝制備的文庫(kù)在 MGISEQ-2000 PE150 測(cè)序截取 30X 的數(shù)據(jù)。

· 亮點(diǎn)五 ：不同建庫(kù)起始量數(shù)據(jù)表現(xiàn)優(yōu)秀

酶切 PCR-Free 可兼容 200-1000ng 不同 gDNA 起始量，且不同起始量的變異檢測(cè)結(jié)果無(wú)明顯差異。同競(jìng)品 H PCR-Free 相比較, duplicate rate 明顯更低（見(jiàn)圖5）; SNP 和 InDel 變異檢測(cè)性能表現(xiàn)更為優(yōu)異（見(jiàn)圖6）。

圖5 比較酶切 PCR-free 和競(jìng)品的測(cè)序數(shù)據(jù) duplicate rate

樣本均為 NA12878，H  PCR-Free 是以 2000 ng gDNA 為投入量，使用物理法 PCR-free 建庫(kù)，在 H 平臺(tái) PE150 測(cè)序（官方公布數(shù)據(jù)），

截取 30X 的數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。MGISEQ-2000 酶切 PCR-free 分別以 1000ng、500ng、200ng gDNA 為投入量，采用 MGIEasy 酶切 PCR-Free DNA 文庫(kù)制備試劑套裝

建庫(kù)，MGISEQ-2000 PE150 測(cè)序截取 30X 的數(shù)據(jù)。展示數(shù)據(jù)均采用華大智造自主開(kāi)發(fā)的 MegaBOLT 快速分析流程進(jìn)行分析。

圖6 比較酶切 PCR-free 不同起始量和競(jìng)品的測(cè)序數(shù)據(jù) SNP 和 InDel F-measure

樣本均為 NA12878，H  PCR-Free 是以 2000 ng gDNA 為投入量，使用物理法 PCR-free 建庫(kù)，在 H 平臺(tái) PE150 測(cè)序（官方公布數(shù)據(jù)），截取 30X 的數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。MGISEQ-2000

酶切 PCR-free 分別以 1000ng、500ng、200ng gDNA 為投入量，采用 MGIEasy 酶切 PCR-Free DNA 文庫(kù)制備試劑套裝建庫(kù)，MGISEQ-2000 PE150測(cè)序截取 30X的數(shù)據(jù)。展示數(shù)據(jù)均采用華大智造自主開(kāi)發(fā)的MegaBOLT 快速分析流程進(jìn)行分析。F-measure為 Precision 和 Sensitivity 加權(quán)調(diào)和平均值，是變異檢測(cè)準(zhǔn)確性和靈敏度的綜合評(píng)估值。

總結(jié)

在全基因組測(cè)序的文庫(kù)制備中，MGIEasy 酶切 PCR-Free DNA 文庫(kù)制備試劑套裝，除具備 PCR-Free 的全部?jī)?yōu)點(diǎn)外，還具有樣本兼容性好、可自動(dòng)化建庫(kù)的獨(dú)特優(yōu)勢(shì)。結(jié)合 MGISP 系列自動(dòng)化樣本處理系統(tǒng)，可以實(shí)現(xiàn)從 gDNA到文庫(kù)的全自動(dòng)化流程建庫(kù)。同時(shí)，得益于高質(zhì)量、低偏差的打斷酶，酶切法試劑套裝在無(wú)擴(kuò)增錯(cuò)誤累積、基因組覆蓋均一性、變異檢測(cè)性等方面，均達(dá)到物理法相似水平，并能兼容不同類(lèi)型樣本和不同建庫(kù)起始量。因此，酶切法套裝和 DNBSEQ? 技術(shù)相結(jié)合，將為科研和臨床組學(xué)研究帶來(lái)更精準(zhǔn)、全面的全基因組數(shù)據(jù)。

訂購(gòu)信息