超強(qiáng)新冠病毒變異株Omicron（B.1.1.529）于近期在全球快速蔓延，為疫情防控與監(jiān)測帶來了巨大挑戰(zhàn)。華大智造ATOPlex技術(shù)和DNBSEQ測序平臺為南非、沙特阿拉伯、瑞典等國Omicron變異毒株的溯源和監(jiān)測提供了強(qiáng)有力的工具支撐。

目前，新冠Omicron變異毒株在南非地區(qū)迅速傳播。南非醫(yī)學(xué)研究理事會（SAMRC）使用華大智造ATOPlex建庫試劑盒、MGISEQ-200基因測序儀和MGISP-100高通量自動化建庫平臺在第一時間發(fā)現(xiàn)了Omicron變異株，并通過該系統(tǒng)在廢水樣本中發(fā)現(xiàn)Omicron毒株。

圖片來源SAMRC

人類遺傳學(xué)家、SAMRC基因組學(xué)中心平臺經(jīng)理Craig Kinnear教授表示：“基于華大智造的創(chuàng)新技術(shù)平臺，我們的團(tuán)隊對從南非廢水處理廠收集的廢水樣本進(jìn)行了SARS-COV-2測序，并從開普敦市收集的12個廢水樣本中檢測出11個樣本均含有Omicron病毒。在Omicron變異株公布之前，我們就已在開普敦國際機(jī)場采集的廢水樣本中首次檢測出了Omicron病毒?！?/span>

基于廢水的流行病學(xué)研究方案（Wastewater-Based Epidemiology, WBE）可在早于醫(yī)療系統(tǒng)檢測的時間點(diǎn)發(fā)現(xiàn)病毒的存在，同時不受無癥狀感染者的干擾，這為新冠疫情的管控從另一層面提供了新的預(yù)警信息，并能幫助相關(guān)部門更加有效地做出公共衛(wèi)生決策。傳統(tǒng)的基于RT-qPCR的方案能夠有效檢測廢水中是否存在病毒，但無法對病毒的型別進(jìn)行判斷，而采用多重PCR結(jié)合二代測序方法能夠解決這個問題。

華大智造ATOPlex試劑盒（V1.1）采用短序列擴(kuò)增技術(shù)（106-199），覆蓋整個新冠病毒全長基因組，能夠有效抓取廢水中的新冠病毒片段，結(jié)合DNBSEQ測序獲取廢水中的病毒序列信息。此次采用ATOPlex技術(shù)對廢水中進(jìn)行新冠監(jiān)測，獲得的Omicron的基因組覆蓋度超過99.2%，在鑒定新型突變的同時獲取完整基因組序列。此外ATOPlex技術(shù)結(jié)合Spike-in外參定量技術(shù)，能夠有效對廢水中的病毒濃度進(jìn)行定量，對于社區(qū)感染規(guī)模進(jìn)行推斷，為公衛(wèi)部門制定防控政策提供理論依據(jù)。

在微生物研究領(lǐng)域，ATOPlex技術(shù)不僅可以有效對Omicron和其他新型毒株的分型和監(jiān)測，還能針對其他威脅人類健康的病原微生物提供個性化的監(jiān)測方案，滿足公共衛(wèi)生領(lǐng)域?qū)τ诓煌⑸锏臋z測和監(jiān)測需求。

此外，華大智造ATOPlex建庫試劑盒和MGISP高通量自動化建庫平臺助力瑞典公共衛(wèi)生署合作的卡羅林斯卡醫(yī)學(xué)院國家疫情中心在第一時間發(fā)現(xiàn)了Omicron變異株。華大智造還為沙特阿拉伯王國衛(wèi)生部提供了ATOPlex技術(shù)和MGISEQ-2000高通量測序平臺，助力其檢測出了首例自北非返國公民Omicron病例。

自疫情暴發(fā)以來，華大智造密切關(guān)注新冠突變情況，并通過其核心產(chǎn)品基因測序儀和自動化設(shè)備為全球70余個國家疫情防控提供強(qiáng)有力的工具保障，助力全球抗疫！

關(guān)于南非醫(yī)學(xué)研究理事會（SAMRC）

成立于1969年，是南非衛(wèi)生部下屬機(jī)構(gòu)，旨在通過研發(fā)和技術(shù)轉(zhuǎn)移，改善南非人民的健康水平，使民眾能夠享受到更好的生活質(zhì)量。SAMRC主要研究領(lǐng)域包括結(jié)核病、艾滋病、心血管病及其他非傳染性疾病。