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2021年12月15日，國際乳品聯(lián)合會(huì)（IDF）正式發(fā)布《IDF公報(bào)No.513/2021 益生菌菌株水平鑒定指導(dǎo)文件》（Bulletin of the IDF No. 513/2021: Identification of Probiotics at the strain level - Guidance Document）。這是我國首次主導(dǎo)完成的國際乳品聯(lián)合會(huì)指導(dǎo)文件，DNBSEQTM作為國產(chǎn)高通量測序平臺(tái)入選指導(dǎo)文件，獲得國際乳品聯(lián)合會(huì)及國內(nèi)外學(xué)術(shù)界和產(chǎn)業(yè)界認(rèn)可。
我國益生菌的基礎(chǔ)研發(fā)和產(chǎn)業(yè)化進(jìn)入快速發(fā)展階段，成為食品工業(yè)創(chuàng)新升級的重要推動(dòng)力之一。益生菌的健康功效已形成科學(xué)界廣泛共識，其功能性和安全性具有菌株水平特異性。益生菌精準(zhǔn)鑒定是行業(yè)發(fā)展的關(guān)鍵核心技術(shù)，目前國內(nèi)外法規(guī)標(biāo)準(zhǔn)對此均提出了相應(yīng)要求，但缺乏系統(tǒng)性的技術(shù)指導(dǎo)文件。
《IDF公報(bào)No.513/2021 益生菌菌株水平鑒定指導(dǎo)文件》是我國首次主導(dǎo)完成的IDF指導(dǎo)文件，由中國食品發(fā)酵工業(yè)研究院副院長、IDF乳品微生物分析方法委員會(huì)（SCAMDM）主席姚粟教授團(tuán)隊(duì)牽頭修訂，項(xiàng)目組成員包括來自中國、法國、波蘭、丹麥、新西蘭、瑞士、比利時(shí)、德國、日本等成員國專家，同時(shí)得到來自IDF中國國家委員會(huì)、IDF各技術(shù)委員會(huì)和各國家委員會(huì)的積極參與，引起國內(nèi)外學(xué)術(shù)界和產(chǎn)業(yè)界的高度關(guān)注。
指導(dǎo)文件對益生菌的核心特征、益生菌種水平和菌株水平鑒定方法、以及全基因組測序分析和多組學(xué)技術(shù)聯(lián)合應(yīng)用做出了相應(yīng)說明，為行業(yè)建立精準(zhǔn)鑒定技術(shù)體系和標(biāo)準(zhǔn)化檢測方法、助力實(shí)現(xiàn)益生菌產(chǎn)品生產(chǎn)過程一致性控制、提升行業(yè)監(jiān)管和商業(yè)保護(hù)提供強(qiáng)有力的技術(shù)支撐，對益生菌跨行業(yè)的科學(xué)應(yīng)用與創(chuàng)新發(fā)展具有重大意義。
DNBSEQTM作為國產(chǎn)測序平臺(tái)獲認(rèn)可
此前，DNBSEQTM測序平臺(tái)已經(jīng)在科研領(lǐng)域多次得到國際組織及權(quán)威雜志的認(rèn)可。2021年9月，由生物分子資源設(shè)施協(xié)會(huì)（ARBF）主導(dǎo)的ABRF NGS II期研究成果發(fā)表于Nature Biotechnology。該研究將人類基因組家族、單獨(dú)菌株和細(xì)菌的宏基因組混合物，在六款主流的測序平臺(tái)進(jìn)行測序，并將各平臺(tái)數(shù)據(jù)進(jìn)行全方位、系統(tǒng)性比較，分析各個(gè)測序平臺(tái)的性能差異和測序質(zhì)量，以提供真實(shí)全面的參考證據(jù)。文章結(jié)果表明：“在短讀長測序平臺(tái)中，DNBSEQTM測序平臺(tái)提供的測序錯(cuò)誤率最低、在SNV與INDEL的檢出上，表現(xiàn)出不同短序列測序平臺(tái)之間高度的一致性?！?/span>
關(guān)于DNBSEQTM測序技術(shù)
DNBSEQTM測序技術(shù)主要包括：DNA單鏈環(huán)化和DNB（DNA nanoball，DNB）制備、規(guī)則陣列芯片（Patterned Array）、DNB加載、cPAS（combinatorial Probe Anchor Synthesis 聯(lián)合探針錨定聚合測序法）、雙端測序技術(shù)，以及配合的流體和光學(xué)檢測技術(shù)和堿基識別算法等。
DNBSEQTM測序技術(shù)與其他現(xiàn)有的測序技術(shù)相比，比較突出的特點(diǎn)是完美結(jié)合了DNB的低錯(cuò)誤積累和規(guī)則陣列芯片的高信號密度，大幅提高檢測的準(zhǔn)確性。此外，DNBSEQTM測序平臺(tái)的標(biāo)簽跳躍少，能有效降低“張冠李戴”的情況。
參考文獻(xiàn)：
Foox, J., Tighe, S.W., Nicolet, C.M. et al. Performance assessment of DNA sequencing platforms in the ABRF Next-Generation Sequencing Study. Nat Biotechnol 39, 1129–1140 （2021）.
