5月28日,《中國疾病預防控制中心周報(China CDC Weekly)》在線報告了內地首例輸入性新型冠狀病毒關注變體(VOC)奧密克戎變異株BA.5(Omicron subvariant BA.5)的測序結果。該變異株采用華大智造DNBSEQ平臺MGISEQ-200RS進行測序,基因分型顯示與南非上傳的一個序列(GISAID ID:EPI_ISL_12713186)密切相關。目前BA.5變異株已傳播至全球19個國家(共2,614個序列提交給GISAID),暫無詳細數據報道其對公共衛(wèi)生的影響,需要持續(xù)監(jiān)測和評估以進一步闡明其特點和影響。

首次輸入內地,Omicron BA.5序列獲破譯
2022年4月27日,從荷蘭阿姆斯特丹起飛的KL857國際航班抵達上海市浦東國際機場,在常規(guī)隔離過程中一名乘客被報告為新冠核酸檢測陽性并被診斷為輕癥病例,并于5月13日使用華大智造MGISEQ-200RS進行測序?;蚍中头治鲲@示患者感染了新型冠狀病毒關注變體奧密克戎變異株BA.5(VOC/Omicron BA.5),與南非上傳的一個序列(GISAID ID:EPI_ISL_12713186)密切相關(圖1),有34個非同義突變發(fā)生在與BA.5的特征匹配的刺突基因中。
圖1 SARS-CoV-2多個譜系的系統(tǒng)發(fā)育樹。導入的VOC/Omicron (BA.5)用箭頭突出顯示。右側顯示了其他不同顏色的Omicron亞系
Omicron BA.5更加嚴重?
證據不足仍需持續(xù)監(jiān)測!
圖2 截至2022年5月23日,按姐妹譜系劃分的Omicron序列數量*
*Omicron 姐妹譜系包括 Omicron 譜系 BA.1 和名為 BA.1.X、BA.2 的合并后裔譜系以及名為 BA.2.X、BA.3、BA.4 和 BA.5 的所有合并后裔譜系。資料來源:來自 GISAID 的 SARS-CoV-2 序列數據和元數據,于 2022 年 5 月 23 日歐洲中部時間 10 點從 GISAID 中提取。
基于DNBSEQ技術的靶向測序,
新冠VOC監(jiān)測組合拳
圖3 基于DNBSEQ的新冠病毒靶向測序一站式平臺
華大智造基于DNBSEQ技術的新冠病毒靶向測序產品組合,已連續(xù)部署至超過10個新冠疫情熱點地區(qū),完成多種新冠VOC(Omicron BA.1、BA.2、BA.5,Delta)測序,測序結果表現優(yōu)異,高效完成新冠溯源工作。
關于VOC、VOI和VUM
世衛(wèi)組織與國家當局、機構和研究人員合作,定期評估 SARS CoV-2 變體是否會改變傳播或疾病特征,或影響用于控制的疫苗、治療、診斷或公共衛(wèi)生和社會措施 (PHSM)的有效性疾病傳播。根據對全球公共衛(wèi)生構成的風險,定期評估潛在的關注變體(VOC)、感興趣的變體 (VOI)或監(jiān)測中的變體(VUM)。