“新冠肺炎疫情下，流感依然需要被關(guān)注。最新流感監(jiān)測(cè)報(bào)告顯示，我國南方省份流感陽性率持續(xù)上升，以A(H3N2)亞型流感病毒為主?！?/span>中國疾控中心國家流感中心主任王大燕提醒，全球多地區(qū)出現(xiàn)新型冠狀病毒、流感病毒共同流行的狀況，各地流感優(yōu)勢(shì)株交替流行，這也意味著我們要重視對(duì)病毒變異進(jìn)行監(jiān)測(cè)，加強(qiáng)聯(lián)防聯(lián)控?！浴?022季節(jié)性流感防控策略學(xué)術(shù)交流會(huì)”

作為較易發(fā)生突變、而且傳染性較強(qiáng)的高發(fā)病率病毒，流感病毒不僅與普通感冒難以分辨，還會(huì)與新型冠狀病毒的交叉流行帶來疊加效應(yīng)負(fù)擔(dān)。利用高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)流感病毒變異進(jìn)行追蹤，對(duì)新型流感病毒做出預(yù)警，對(duì)流感流行趨勢(shì)進(jìn)行監(jiān)測(cè)非常重要。目前正值我國南方夏季流感高發(fā)期，華大智造于近日正式推出基于MGISEQ-200RS基因測(cè)序儀的呼吸道微生物基因組測(cè)序產(chǎn)品組合（含MGIEasy呼吸道微生物基因組建庫試劑盒套裝和MGI FluTrack基礎(chǔ)分析系統(tǒng)），助力抗擊流感，減輕新冠防控壓力。

圖1：基于MGISEQ-200RS平臺(tái)的呼吸道微生物基因組測(cè)序

其中，MGIEasy呼吸道微生物基因組建庫試劑盒套裝采用華大智造ATOPlex多重PCR技術(shù)開發(fā)而成，能夠?qū)仔土鞲泻鸵倚土鞲胁《救蚪M8個(gè)片段進(jìn)行高效地?cái)U(kuò)增和文庫制備；搭配裝載在華大智造生信分析加速模塊MegaBOLT服務(wù)器上的MGI FluTrack基礎(chǔ)分析系統(tǒng)，在MGISEQ-200RS基因測(cè)序儀上，能夠?qū)崿F(xiàn)對(duì)流感病毒的分型、基因組組裝和溯源研究。

圖2：流感病毒全基因組的 8個(gè)片段

性能展示

>>性能測(cè)試

>Round 01  基因組覆蓋度高，檢測(cè)靈敏度高性能測(cè)試

圖3 不同濃度流感樣本基因組覆蓋度

• 樣本類型

• 測(cè)評(píng)方案

• 測(cè)評(píng)結(jié)果

包括濃度為500拷貝在內(nèi)的6個(gè)樣本的每個(gè)片段基因組覆蓋度均超過95%，表現(xiàn)出優(yōu)異的基因組測(cè)序覆蓋度。

圖4a 甲流樣本基因組覆蓋度

圖4b 乙流樣本基因組覆蓋度

• 樣本類型

5例梯度稀釋的甲型和乙型流感病毒RNA樣本，Ct值從23到37不等。

• 測(cè)評(píng)方案

采用MGIEasy呼吸道微生物基因組建庫試劑盒套裝對(duì)樣本進(jìn)行文庫構(gòu)建，在MGISEQ-200RS上進(jìn)行測(cè)序，然后采用MGI FluTrack進(jìn)行數(shù)據(jù)處理，對(duì)樣本全基因組進(jìn)行對(duì)比。

• 測(cè)評(píng)結(jié)果

對(duì)不同Ct值的樣本進(jìn)行片段覆蓋度的對(duì)比。隨著樣本Ct值升高，病毒載量降低，測(cè)序覆蓋度也會(huì)下降，對(duì)比結(jié)果顯示：針對(duì)Ct值＜34的甲流樣本（圖4a）和Ct值＜32的乙流樣本（圖4b），采用華大智造呼吸道微生物基因組測(cè)序獲得的片段覆蓋度基本在100%，可檢測(cè)出完整的流感病毒基因組。

>Round 02  與RT-PCR檢測(cè)結(jié)果一致性好

圖5 真實(shí)樣本測(cè)序與RT-PCR結(jié)果對(duì)照

• 樣本類型

16例鼻咽拭子樣本（真實(shí)樣本，僅用于科研），Ct值從25到38不等。

• 測(cè)評(píng)方案

采用華大智造自動(dòng)化設(shè)備MGISP-100RS建庫儀、MGISEQ-200RS基因測(cè)序儀和第三方廠商的PCR儀，分別對(duì)測(cè)試樣本進(jìn)行文庫制備，高通量測(cè)序和RT-PCR檢測(cè)。

• 測(cè)評(píng)結(jié)果

采用華大智造呼吸道微生物基因組測(cè)序產(chǎn)品獲得的結(jié)果與RT-PCR結(jié)果完全一致，而且對(duì)于Ct值大于32的樣本也能夠準(zhǔn)確地識(shí)別出病毒型別。

綜上，采用由華大智造推出的呼吸道微生物基因組測(cè)序產(chǎn)品組合，能夠?qū)颖具M(jìn)行精準(zhǔn)的流感病毒亞型識(shí)別，可以獲得完整的流感病毒基因組序列，有助于疾控部門或科研機(jī)構(gòu)對(duì)流感病毒的追蹤和溯源等工作的高效開展和快速推動(dòng)。