11月21日，我國迄今水下考古發(fā)現(xiàn)體量最大的木質(zhì)沉船——“長江口二號”古船成功實施整體打撈，其保存完整、船載文物豐富，可以稱之為近代上海的“時空寶盒”。

在“長江口二號”古船出水之前，復(fù)旦大學(xué)副教授文少卿負(fù)責(zé)的生物考古團(tuán)隊，已參與“長江口二號”古船考古工作數(shù)月，這是國內(nèi)首次將分子水平的生物基因研究技術(shù)應(yīng)用于水下考古領(lǐng)域。文教授團(tuán)隊對船中出水瓷瓶中的稻殼進(jìn)行碳十四測年和古植物DNA研究，其中就運用到了華大智造MGISEQ-2000高通量基因測序平臺。

小小的稻殼從哪里來？可以講述多少塵封百年的沉船秘密？這就不得不提到半年前的一批出水文物，其中包括一只底款為“同治年制”篆書的大型青花雙耳瓶。

文少卿副教授領(lǐng)銜的生物考古團(tuán)隊在雙耳瓶對淤泥進(jìn)行取樣時，發(fā)現(xiàn)瓶內(nèi)50只小瓷杯之間墊有用于防震的大量稻殼。與此同時，考古團(tuán)隊也獲取到古船上其他的稻殼樣本。通過運用MGISEQ-2000高通量基因測序平臺等儀器設(shè)備對稻殼樣本進(jìn)行檢測，考古人員不僅可以根據(jù)稻殼的DNA比對結(jié)果大致推測其產(chǎn)地，結(jié)合瓷器的窯口，推測長江口二號的上貨港口；并且可根據(jù)碳十四測年判斷稻殼的大致“年齡”，來大致推測長江口二號古船的年代。稻殼檢測結(jié)果與瓷器底款互相印證，進(jìn)一步確定了長江口二號古船是在清同治年間運行的，已經(jīng)在水下塵封超過150年。

考古人員運用MGISEQ-2000高通量基因測序平臺對微生物樣本進(jìn)行檢測一顆稻殼能夠以小見大反映古船的歷史，通過分子水平的生物基因研究技術(shù)的探索，瓶中的泥沙也是蘊藏著成千上萬種微生物的“小世界”?；谌A大智造MGISEQ-2000等儀器設(shè)備，考古團(tuán)隊從瓶中的淤泥中提取出微生物的3900多條DNA信息，并和全球DNA數(shù)據(jù)庫里的微生物進(jìn)行比對，成功總結(jié)出古船的沉積過程和長江口水環(huán)境的變遷。

10月3日，備受矚目的2022年諾貝爾生理學(xué)獎公布得獎人是瑞典遺傳學(xué)家Svante P??bo，這被稱為迄今為止距離基因組學(xué)及高通量基因測序最近的諾獎。P??bo建立了一個全新的科學(xué)學(xué)科古基因組學(xué)，完成了看似不可能的事情：采用高通量測序技術(shù)對當(dāng)今人類已滅絕的近親——尼安德特人的基因組進(jìn)行測序。高通量測序技術(shù)的出現(xiàn)促進(jìn)了基因組學(xué)的快速發(fā)展，古基因組學(xué)也因此開始成為考古學(xué)、遺傳學(xué)研究中的大熱門。目前，基于不同策略開發(fā)的各種高通量測序平臺已在古DNA樣本分析中廣泛應(yīng)用。

2021年，復(fù)旦大學(xué)文少卿團(tuán)隊聯(lián)合廈門大學(xué)王傳超團(tuán)隊，首次評估使用華大智造MGISEQ-2000測序平臺進(jìn)行古基因組學(xué)研究的潛力，并發(fā)表在Frontiers in genetics雜志上。該研究從測序數(shù)據(jù)質(zhì)量、文庫復(fù)雜度、基因組覆蓋均一性和種群遺傳分析四個維度出發(fā)，對MGISEQ-2000在古基因組學(xué)中的綜合性能進(jìn)行評估，結(jié)果顯示MGISEQ-2000在內(nèi)源率和文庫復(fù)雜度方面表現(xiàn)優(yōu)異，在其他重要關(guān)鍵參數(shù)上媲美古基因組學(xué)研究中常用的高通量測序平臺，可作為大多數(shù)古基因組學(xué)研究的潛在選擇。

華大智造始終致力于成為“生命科技核心工具締造者”，華大智造高通量測序平臺等生命科技核心設(shè)備將持續(xù)賦能生物考古學(xué)、分子考古學(xué)等古基因組學(xué)研究領(lǐng)域，助力用戶和合作伙伴產(chǎn)出更多研究成果，為重現(xiàn)人類生動歷史、呈現(xiàn)群體精彩故事貢獻(xiàn)力量。

資料來源：央視新聞、新華每日電訊、新華視點、 澎湃新聞、測序中國等。