2023年1月8日起,我國對新型冠狀病毒感染實施“乙類乙管”。新冠疫情防控進入新階段,國家疾控部門進一步完善新冠病毒變異監(jiān)測的工作方案,在本土病例監(jiān)測方面,每個省選擇了部分的城市和醫(yī)院作為監(jiān)測哨點,對門診病例、重癥和死亡病例開展一定數(shù)量的新冠病毒感染病例的采樣和序列測定。
近日,廣州醫(yī)科大學(xué)附屬市八醫(yī)院(以下簡稱廣州市八醫(yī)院)作為”入境患者定點收治醫(yī)院“,一直動態(tài)監(jiān)測新冠病毒變異的趨勢,基于華大智造的MGISEQ-2000基因測序儀、ATOPlex RNA多重PCR建庫試劑盒套裝V3.1以及MetargetCOVID軟件,在收治的境外輸入新冠病毒感染者中檢測出了BQ.1.25、XBB.1、XBB.2等奧密克戎亞型變異毒株。
測序報告顯示測出BQ.1.25、XBB.1 、XBB.2變異毒株
華大智造MGISEQ-2000是一款靈活高效的測序平臺,搭配2種通量的載片:大載片(FCL)和小載片(FCS),可獨立上機,單次運行數(shù)據(jù)產(chǎn)量可從55Gb到1,440Gb。ATOPlex RNA多重PCR建庫試劑盒套裝V3.1(簡稱ATOPlexV3.1)采用328對混合引物(平均擴增178bp)來捕獲新冠病毒全基因組序列信息,對于低濃度、易降解的樣本友好、具有極高的靈敏度。而MGI MetargetCOVID軟件支持批量樣本的快速分析,可實現(xiàn)新冠病毒的準確分型。
基于華大智造MGISEQ-2000、ATOPlexV3.1及MetargetCOVID軟件的測序組合,廣州市八醫(yī)院單次完成96*個新冠樣本的測序工作,得到病毒序列全長覆蓋率達到99%以上,測序效率高,測序結(jié)果質(zhì)量優(yōu)異。
廣州市八醫(yī)院工作人員在華大智造MGISEQ-2000上操作新冠樣本測序早在2021年5月,華大智造啟動為廣州市八醫(yī)院提供新冠病毒測序工具。2021年5月21日至2021年6月18日,廣州市八醫(yī)院共確診159例新冠Delta毒株病例,廣州市八醫(yī)院聯(lián)合廣州醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院等單位采用華大智造的ATOPlex技術(shù)平臺和MGISEQ-2000測序儀的測序組合產(chǎn)品成功實現(xiàn)對新冠Delta病毒全基因組的測序、比對、分型和溯源。
廣州市八醫(yī)院工作人員使用MGI MetargetCOVID軟件進行樣本毒株分型廣州醫(yī)科大學(xué)附屬市八醫(yī)院傳染病研究所主任李鋒表示:“在監(jiān)測哨點開展新冠病毒全基因組測序,能夠及時動態(tài)掌握人群感染發(fā)病水平和變化趨勢,科學(xué)研判和預(yù)測疫情規(guī)模、強度和流行時間,動態(tài)分析病毒株變異情況。華大智造提供的國產(chǎn)高通量測序工具組合準確、高效、操作簡便,為新冠病毒變異監(jiān)測提供了強大的技術(shù)支撐?!?/span>
近年來,高通量測序技術(shù)在病原的監(jiān)測和溯源以及公共衛(wèi)生事件的應(yīng)對中發(fā)揮著極其重要的作用。華大智造始終致力于成為“生命科技核心工具締造者”,針對醫(yī)療機構(gòu)、公共衛(wèi)生機構(gòu)開展新型冠狀病毒感染疫情監(jiān)測的需求,持續(xù)提供實時、全景、全生命周期的測序產(chǎn)品組合,助力病毒變異監(jiān)測,賦能傳染病防控的“醫(yī)防結(jié)合”。
*MGISEQ-2000基因測序儀單次運行可實現(xiàn)384-3072個新冠樣品的測序。