“建立全球傳染病疫情信息智能監(jiān)測預警、口岸精準檢疫的口岸傳染病預防控制體系和種類齊全的現(xiàn)代口岸核生化有害因子防控體系,建立基于源頭防控、境內(nèi)外聯(lián)防聯(lián)控的口岸突發(fā)公共衛(wèi)生事件應對機制,健全口岸病媒生物及各類重大傳染病監(jiān)測控制機制,主動預防、控制和應對境外突發(fā)公共衛(wèi)生事件?!?/span>
——摘自中共中央、國務院印發(fā)的《“健康中國2030”規(guī)劃綱要》
輸入性病媒生物引發(fā)的各種傳染病是世界性公共衛(wèi)生問題之一,全球一體化為病媒傳染病的傳播提供了機會。因此,為減少輸入性病媒物種對公共衛(wèi)生和生態(tài)的威脅,作為一國之門的海關口岸,具備及時、精準監(jiān)測病媒物種及其攜帶微生物的能力非常重要。
目前口岸現(xiàn)有的輸入性病媒生物的傳統(tǒng)形態(tài)識別方法存在很多困難,如無法識別若蟲、卵等非成蟲態(tài)病媒、肢體殘肢不全的昆蟲、雌蟲及近緣種,在識別過程中由于缺少參考資料和參比標本、數(shù)據(jù)共享性差以及缺少形態(tài)鑒定專家等原因,無法準確快速鑒定。
采用高通量測序技術對病媒生物監(jiān)測,能夠快速、精準地識別輸入性病媒生物的物種及近緣種,解決物種識別受蟲態(tài)和蟲體不完整等限制問題,可減少病媒生物本身及其攜帶病原體的擴散機會。
為此,針對海關病媒物種的監(jiān)測,華大智造基于MGISEQ-200測序平臺,特別提供了病媒物種及微生物識別組合產(chǎn)品,該組合產(chǎn)品有以下特點:
01
一站式快速、精準檢測
覆蓋從樣本到報告全流程,一次實驗即可同時識別病媒生物物種及其攜帶微生物,為出入境檢驗檢疫和病媒防控提供全套工具支撐。
02
為工作人員降低操作門檻
包含豐富的物種數(shù)據(jù)庫和強大的分析功能,覆蓋9類病媒生物的DNA條形碼數(shù)據(jù)庫,并收錄細菌、真菌、病毒等2萬多種微生物數(shù)據(jù)(可定期更新),簡單操作即可自動生成病媒物種及其攜帶微生物的識別分析報告。
測試報告結果展示
以12例病媒模擬樣本為例(含6例DNA樣本、6例RNA樣本),采用華大智造病媒測序組合產(chǎn)品,對病媒物種及其攜帶微生物的類型進行精準識別。識別結果包括但不限于:病媒物種識別結果、病媒生物線粒體組裝序列深度分布圖、病媒所攜帶的微生物類型識別等。這些結果的輸出,對于海關工作人員而言,可以精準判斷病媒物種及其攜帶微生物類型,以快速應對境外突發(fā)公共衛(wèi)生事件。
結果1:
病媒物種識別
對12例樣本進行檢測,系統(tǒng)自動輸出物種識別結果及線粒體的組裝序列,混合樣本輸出2條結果,所有樣本的病媒物種識別結果完全符合預期。
表1:病媒物種識別結果
結果2:
病媒生物線粒體組裝序列深度分布圖
該組合產(chǎn)品可對每份樣本中比對到物種線粒體基因組的序列進行組裝,再將組裝后的序列中比對到數(shù)據(jù)庫中的COI參考序列做深度分析,以S2樣本為例,深度分布如圖1所示。
圖1 樣本S2的組裝序列深度分布圖
結果3:
病媒所攜帶的微生物類型識別
對樣本中所攜帶的微生物物種進行識別,以S1樣本為例,結果如表2所示,識別結果符合預期,目標微生物均被識別出,其他非目標微生物為病媒樣本自身攜帶的其他微生物。
表2 樣本S1的微生物識別結果
總結
對病媒生物及其攜帶微生物的及時有效監(jiān)測是口岸公共衛(wèi)生防控的重要工作?;贛GISEQ-200測序平臺的病媒物種及微生物識別組合產(chǎn)品,具有識別結果準確、分析功能豐富、操作簡便的特點。此外,華大智造也可提供基于DNBSEQ-G99測序平臺的適配方案,以滿足用戶需要進一步縮短檢測時間的應用需求。
總而言之,華大智造病媒監(jiān)測組合產(chǎn)品覆蓋了從樣本到報告的全工作流程,一次實驗可同時完成病媒生物物種及其攜帶微生物類型的識別,為出入境檢驗檢疫和病媒傳染病防控提供了強大的工具支撐。