stLFR以其強大的虛擬隔離共標(biāo)記技術(shù)（Virtual Co-Barcoding），通過單管操作就能輕松的獲得基因組長片段信息。為了能高效的利用龐大的barcode信息，華大智造生信開發(fā)團(tuán)隊針對stLFR數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)特點開發(fā)一款全新、自動化的stLFR數(shù)據(jù)分析工具。免費獲取方式為：https://github.com/MGI-tech-bioinformatics/stLFR_v1.1。

圖1. stLFR數(shù)據(jù)分析工具示意圖。

(從下機數(shù)據(jù)開始，依次進(jìn)行barcode拆分、低質(zhì)量數(shù)據(jù)過濾、基因組比對、SNP/INDEL檢測、單倍體組裝、CNV檢測和SV檢測，最終得到stLFR數(shù)據(jù)報告)

數(shù)據(jù)展示

通過對2個NA12878數(shù)據(jù)結(jié)果來介紹stLFR數(shù)據(jù)分析工具的報告內(nèi)容，詳細(xì)展示工具能提供什么結(jié)果。

Co-Barcode聚類分析

利用DNA分子共標(biāo)簽技術(shù)，華大智造stLFR文庫制備試劑盒能獲取較好的長片段文庫。那么在實際stLFR數(shù)據(jù)中的表現(xiàn)將通過三個圖表展示。

圖2. stLFR數(shù)據(jù)的barcode分布、覆蓋。

每個barcode連接的片段數(shù)目（a, b）、每個片段的覆蓋度（c, d）、每個片段的長度分布（e, f）

圖3. stLFR數(shù)據(jù)深度覆蓋、插入片段、GC bias示意圖。

stLFR數(shù)據(jù)深度分布圖（a）、累積深度分布圖（b）、插入片段分布圖（c）及GC bias示意圖（d）。

單倍體組裝

作為stLFR技術(shù)的重點之一，工具使用HapCUT2軟件進(jìn)行單倍體組裝分析，得到較好的基因組組裝結(jié)果。兩個stLFR樣品的單倍體組裝的最大N50達(dá)到15M，phasing rate在99%+。