隨著全球變暖，蚊媒生存的范圍逐漸擴(kuò)大，導(dǎo)致登革熱流行的地區(qū)范圍也在逐年擴(kuò)大。2023年以來，美洲和東南亞登革熱病例激增，呈暴發(fā)態(tài)勢。我國今年進(jìn)入登革熱流行季節(jié)以來，全國登革熱疫情處于持續(xù)上升階段。截至8月30日，全國25個省份報告病例數(shù)遠(yuǎn)高于2020-2022年同期水平，病例主要集中在云南以及廣東、浙江、四川、湖南和福建等6省份。

已投入使用！

華大智造助力完成登革熱病例病毒溯源

今年5月，華大智造＆汕頭疾控“分子生物學(xué)前沿技術(shù)粵東區(qū)域培訓(xùn)基地”（以下簡稱“粵東培訓(xùn)基地”）在汕頭市正式揭牌成立，旨在共同促進(jìn)粵東區(qū)域生物安全體系建設(shè)，推動病原檢測技術(shù)培養(yǎng)方案落地。為了進(jìn)一步提升登革熱防控能力，華大智造為粵東培訓(xùn)基地提供了可實(shí)現(xiàn)登革病毒快速鑒定及溯源的ATOPlex  DENV1-4靶向測序流程，相關(guān)設(shè)備及產(chǎn)品已開放使用。

圖1 華大智造ATOPlex DENV1-4靶向測序流程

日前，華大智造助力登革熱感染患者樣本在粵東培訓(xùn)基地高效完成溯源。本次登革熱樣本溯源基于華大智造MGISEQ-200測序儀進(jìn)行測序，采用PE100的測序方案，總耗時27h。

圖2 汕頭疾控工作人員基于華大智造設(shè)備操作登革病毒溯源

圖3 登革熱感染患者樣本測序流程

經(jīng)分析鑒定，9例樣本為DENV1型，1例樣本為DENV2型。10例樣本均獲得高質(zhì)量基因組，最高基因組覆蓋99.2%，CT值高至35的病毒樣本也能獲得86.1%的基因覆蓋度。

圖4 系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹（9例DENV1型樣本與DENV1型參考基因組）

圖5 SNP差異熱圖（9例DENV1型樣本與DENV1型參考基因組）

比對基因組一致性序列繪制系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹是分析樣本親緣關(guān)系的常見生物信息學(xué)分析方法，報告中的SNP熱圖描述了樣本兩兩比較（每個格子對應(yīng)的行名和列名）的SNP數(shù)目差異，數(shù)字越小代表SNP差異越小、兩個樣本的基因組越一致。從系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹和SNP差異熱圖可以看出，此次溯源的9例DENV1型樣本基因組相似度較高，尤其是Sample3、4、5、7、9、10。

為防控登革熱提供有力檢測工具

華大智造推出ATOPlex DENV1-4靶向擴(kuò)增建庫試劑盒

登革熱是由蚊媒傳播的傳染病，主要發(fā)生在全球熱帶和亞熱帶氣候地區(qū)，受氣候影響，我國夏季多發(fā)于廣東、廣西、云南等地。對于登革病毒的檢測，傳統(tǒng)抗原和核酸檢測存在假陽性，血清學(xué)檢測具有窗口期，病原學(xué)檢測依賴病毒分離，操作復(fù)雜且耗時久，不利于公共衛(wèi)生監(jiān)控系統(tǒng)快速、持續(xù)、有效的響應(yīng)。

華大智造ATOPlex多重PCR建庫試劑盒定制化平臺，自其上市以來，由于其超高重PCR擴(kuò)增的特點(diǎn)、兼具簡單流程（單管兩步PCR建庫）和低投入量的優(yōu)勢，被廣泛應(yīng)用在病原微生物測序領(lǐng)域，在新冠、流感、猴痘、環(huán)境微生物的檢測、監(jiān)測、溯源等應(yīng)用中均有不俗的表現(xiàn)。

基于ATOPlex多重PCR技術(shù)，華大智造推出ATOPlex DENV1-4靶向擴(kuò)增建庫試劑盒并開放試用，一管擴(kuò)增登革熱四個基因型，6小時內(nèi)即可完成手工建庫和DNB制備的操作，搭配華大智造DNBSEQ測序平臺等設(shè)備，從核酸樣本到分析報告，全流程最快17h內(nèi)即可獲得分析結(jié)果（搭配DNBSEQ-G99），為應(yīng)對登革熱疫情爆發(fā)提供有力檢測工具。

圖6 華大智造ATOPlex DENV1-4靶向擴(kuò)增建庫試劑盒

華大智造始終致力于成為生命科技核心工具締造者，基于DNBSEQ與ATOPlex核心技術(shù)推出DENV1-4靶向測序流程，精準(zhǔn)助力登革病毒溯源、防控、基礎(chǔ)研究等環(huán)節(jié)，為我國傳感染疾病監(jiān)控、公共衛(wèi)生工作的開展添磚加瓦。

未來，秉承“創(chuàng)新智造引領(lǐng)生命科技”的理念，在公共衛(wèi)生應(yīng)用領(lǐng)域，華大智造將持續(xù)致力于滿足病原微生物全基因組測序、靶向測序和宏基因組測序全流程等應(yīng)用場景的需求，為公共衛(wèi)生事件的監(jiān)測和預(yù)警提供更自動、更便捷、更高效的國產(chǎn)化核心工具。