“五一國(guó)際勞動(dòng)節(jié)”

是世界上80多個(gè)國(guó)家的全國(guó)性節(jié)日

它是全世界勞動(dòng)人民共同擁有的節(jié)日

所以，今天要講勞動(dòng)？

還是PCR擴(kuò)增？

NO! ! 以勞動(dòng)的名義

我！們！要！PCR-Free！

全基因組測(cè)序被廣泛應(yīng)用于人類疾病研究、動(dòng)植物基因組研究、微生物基因組研究等。傳統(tǒng)全基因測(cè)序在樣本制備中通常都會(huì)用PCR方法進(jìn)行文庫(kù)構(gòu)建，這種方法雖然能夠適用于較低起始量的樣本建庫(kù)，但在PCR過(guò)程中，會(huì)導(dǎo)致基因組部分復(fù)雜區(qū)域丟失或者引入擴(kuò)增錯(cuò)誤。為了讓基因組數(shù)據(jù)保真度更高，華大智造研發(fā)團(tuán)隊(duì)經(jīng)過(guò)兩年研發(fā)，推出重量級(jí)新品MGIEasy PCR-Free DNA文庫(kù)制備試劑套裝。

這款試劑套裝全流程無(wú)PCR擴(kuò)增步驟，使用1μg 基因組DNA僅需3.5個(gè)小時(shí)就能獲得高準(zhǔn)確度的全基因組文庫(kù)。相比于傳統(tǒng)WGS測(cè)序，利用MGIEasy PCR-Free DNA文庫(kù)制備試劑套裝獲得的變異檢測(cè)性能，尤其是InDel檢測(cè)靈敏度和準(zhǔn)確性等方面已達(dá)到業(yè)界領(lǐng)先水平，無(wú)PCR擴(kuò)增錯(cuò)誤累積，基因組覆蓋均一性好，變異檢測(cè)性能優(yōu)，實(shí)現(xiàn)了建庫(kù)+測(cè)序全流程的“真”“正”“準(zhǔn)”和“快”，能夠最大程度還原基因組真實(shí)原貌。這款試劑盒適用于華大智造多款測(cè)序平臺(tái)，如MGISEQ-2000、BGISEQ-500等。

真

建庫(kù)+測(cè)序全流程，無(wú)指數(shù)擴(kuò)增，無(wú)擴(kuò)增bias，無(wú)擴(kuò)增錯(cuò)誤累積

正

更均一的基因組覆蓋度，覆蓋GC富集區(qū)域、啟動(dòng)子、重復(fù)區(qū)域

準(zhǔn)

更優(yōu)秀的變異檢測(cè)性能，InDel檢測(cè)的靈敏度和準(zhǔn)確性達(dá)業(yè)內(nèi)領(lǐng)先水平

快

無(wú)需PCR過(guò)程，僅需3.5小時(shí)完成文庫(kù)構(gòu)建

數(shù)據(jù)展示

真：無(wú)擴(kuò)增錯(cuò)誤累積

由于建庫(kù)過(guò)程中去除了PCR擴(kuò)增步驟，利用MGIEasy PCR-Free DNA文庫(kù)制備試劑套裝獲得的文庫(kù)（簡(jiǎn)稱MGI WGS PCR-Free文庫(kù)）無(wú)PCR引入的錯(cuò)誤或者bias。結(jié)合MGI DNBSEQ^TM測(cè)序技術(shù)利用滾環(huán)復(fù)制進(jìn)行DNA納米球（測(cè)序模板）的制備（原理如圖1所示），可以避免基于PCR指數(shù)擴(kuò)增引入的測(cè)序錯(cuò)誤累積，最大限度的保證基因組的真實(shí)性。

圖1：MGIEasy PCR-Free DNA文庫(kù)制備過(guò)程

正：更高的基因組覆蓋均一性

1-利用MGIEasy PCR-Free DNA文庫(kù)進(jìn)行不同GC含量的對(duì)比實(shí)驗(yàn)

選擇3種不同GC含量的細(xì)菌，分別是OlsenellaProfusa，62%；E.coli, 50%;Bacillus megaterium, 38%， 均采用1 μg gDNA為起始量，物理打斷，MGIEasy PCR-Free DNA文庫(kù)制備試劑套裝建庫(kù)，基于MGIESEQ-2000 進(jìn)行PE150測(cè)序和分析。結(jié)果如圖2所示，高GC菌（62%）和低GC菌（38%）的基因組覆蓋均一性和中GC菌（50%）類似，接近理想的基因組覆蓋度，說(shuō)明MGI WGS PCR-Free在不同GC含量的樣本中可以實(shí)現(xiàn)均一的覆蓋。

圖2：不同GC含量的細(xì)菌的GC bias示意圖

圖釋：將Reference 和實(shí)測(cè)數(shù)據(jù)均以100bp劃分窗口，統(tǒng)計(jì)每個(gè)窗口的GC 含量后按照0-100%分類排序，統(tǒng)計(jì)每個(gè)GC含量百分比內(nèi)的窗口數(shù)量，再將每個(gè)GC含量百分比內(nèi)的實(shí)測(cè)窗口數(shù)除以Reference窗口數(shù)，得到均一化的覆蓋度，用藍(lán)色點(diǎn)表示?；疑骄€表示理想的歸一化覆蓋度，表示為1.0， 藍(lán)色點(diǎn)線表示樣本的實(shí)際歸一化的覆蓋度。藍(lán)色點(diǎn)線約接近1.0， 說(shuō)明樣本的基因組覆蓋均一性越好。

2-利用MGIEasy PCR-Free DNA文庫(kù)與MGIEasy DNA文庫(kù)的對(duì)比實(shí)驗(yàn)

以1μg 人標(biāo)準(zhǔn)品NA12878起始，物理打斷，采用MGIEasy PCR-Free DNA文庫(kù)制備試劑套裝和傳統(tǒng)WGS試劑盒分別建庫(kù)，然后基于MGISEQ-2000平臺(tái)進(jìn)行 PE150測(cè)序， 截取30X數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。結(jié)果顯示，同傳統(tǒng)的WGS PCR相比較，WGS PCR-Free的測(cè)序深度頻率分布（圖3-左圖，紅色柱狀圖）更趨接近于泊松分布的理想的測(cè)序深度頻率（圖3-左圖，藍(lán)色線狀圖），說(shuō)明WGS PCR-Free的測(cè)序數(shù)據(jù)具有更好的基因組覆蓋均一性。

圖3：WGS PCR-Free和WGS PCR測(cè)序深度頻率分布圖

圖釋：X軸，表示測(cè)序深度；Y軸，表示測(cè)序深度頻率分布，代表某一深度占所有深度的百分比。紅色柱狀圖表示實(shí)際情況下的占比；藍(lán)色線狀圖表示理想情況下的占比。

準(zhǔn)：超級(jí)優(yōu)秀的InDel變異檢測(cè)性能

選擇人標(biāo)準(zhǔn)品樣本NA12878，采用MGIEasy PCR-Free DNA文庫(kù)制備試劑套裝建庫(kù)，基于MGISEQ-2000平臺(tái)進(jìn)行PE150測(cè)序，獲得WGS PCR-Free測(cè)序數(shù)據(jù)，截取30X數(shù)據(jù)分析；同時(shí)，對(duì)比業(yè)內(nèi)其他品牌試劑盒（使用其官方公布的在普通測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行的WGS PCR和WGS PCR-Free數(shù)據(jù)），同樣截取30X數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。分析結(jié)果如圖4所示，MGI WGS PCR-Free具有優(yōu)秀的變異檢測(cè)性能，尤其是InDel檢測(cè)準(zhǔn)確性和靈敏度分別高達(dá)99.49% and 99.18%, 明顯優(yōu)于業(yè)內(nèi)其他品牌試劑盒在普通測(cè)序平臺(tái)的WGS PCR和PCR-Free的檢測(cè)性能。此外，MGI WGS PCR-Free的SNP檢測(cè)準(zhǔn)確性和靈敏度與業(yè)內(nèi)其他品牌試劑盒基本持平，均高于99.9%。

圖4：比較不同測(cè)序平臺(tái)的WGS PCR-Free和WGS PCR的變異檢測(cè)性能

快：無(wú)需PCR，文庫(kù)構(gòu)建僅需3.5小時(shí)

MGIEasy PCR-Free DNA文庫(kù)采用一管法完成末端修復(fù)和接頭連接反應(yīng)，無(wú)需進(jìn)行多步純化反應(yīng)；同時(shí)由于去除了PCR擴(kuò)增和純化步驟，相比較常規(guī)PCR文庫(kù)，操作更簡(jiǎn)便，且有效避免了擴(kuò)增產(chǎn)物污染問(wèn)題。從打斷片選DNA開始，全流程最短僅需3.5小時(shí)。

圖5：PCR-Free VS PCR建庫(kù)流程

一顆彩蛋

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邀您新品嘗鮮

參與征集勞動(dòng)節(jié)“花式應(yīng)用”

TOP5應(yīng)用案例贏取免單機(jī)會(huì)

活動(dòng)時(shí)間：2019.05.01-2019.06.30

活動(dòng)地區(qū)：僅限中國(guó)大陸地區(qū)

活動(dòng)規(guī)則：凡在活動(dòng)期間搶鮮購(gòu)買MGIEasy PCR-Free DNA文庫(kù)制備試劑套裝，均有機(jī)會(huì)參與評(píng)選；參評(píng)案例將在活動(dòng)結(jié)束后公開展示，公式周期至少一個(gè)月；獲票數(shù)目最高的前5名應(yīng)用單位/應(yīng)用案例將有機(jī)會(huì)贏取全額免單機(jī)會(huì)，即在活動(dòng)期間為嘗試“花式應(yīng)用”所購(gòu)買的MGIEasy PCR-Free DNA文庫(kù)制備試劑套裝費(fèi)用全額返還。

注：本次活動(dòng)解釋權(quán)歸華大智造市場(chǎng)部所有。

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