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上新 | 0平衡文庫，高數(shù)據(jù)利用率！MGIEasy 全基因組甲基化文庫制備試劑盒V3.0 助力甲基化研究

時間：2024-12-24作者：華大智造

近期，華大智造針對DNBSEQ平臺的甲基化建庫與測序進(jìn)行了全面升級，推出新一代建庫產(chǎn)品MGIEasy 全基因組甲基化文庫制備試劑盒V3.0（MGIEasy Whole Genome Methylation Sequencing Library Prep Kit V3.0，以下簡稱WGMS V3.0）。WGMS V3.0以雙鏈加接頭方法為基礎(chǔ)，對經(jīng)物理打斷方法獲得的DNA片段進(jìn)行建庫，并適配酶法轉(zhuǎn)化，將非甲基化的胞嘧啶（C）轉(zhuǎn)化為尿嘧啶（U），搭配DNBSEQ平臺，能夠?qū)崿F(xiàn)單堿基精度地解析DNA甲基化狀態(tài)，構(gòu)建精細(xì)的全基因組甲基化圖譜。WGMS V3.0可為大人群表觀組研究、表觀遺傳基礎(chǔ)科研、動植物研究、疾病甲基化標(biāo)志物篩選、藥物研發(fā)等多個領(lǐng)域提供高效而準(zhǔn)確的全基因組甲基化建庫方法。

當(dāng)前，WGMS V3.0已適配MGISEQ-2000平臺，結(jié)合MGISEQ-2000平臺的升級算法，測序時可以不添加平衡文庫，實現(xiàn)0平衡文庫的純甲基化文庫測序。此外，華大智造研發(fā)團(tuán)隊針對WGMS V3.0適配DNBSEQ-T7已啟動最后的穩(wěn)定性測試，更多實測數(shù)據(jù)將持續(xù)分享，敬請期待。

產(chǎn)品亮點

可獲得更大文庫插入片段，支持PE150測序
起始量范圍廣，可兼容100~1000ng gDNA建庫起始量，5~20ng cfDNA建庫起始量
兼容多種樣本類型，包括血液、新鮮組織、細(xì)胞樣本、FFPE樣本、血漿樣本，以及常見動植物gDNA樣本
建庫采用磁珠純化方法，全流程適配自動化設(shè)備
搭配DNBSEQ平臺測序數(shù)據(jù)利用率高，基因組覆蓋度高，甲基化檢測一致性高

實測數(shù)據(jù)

1、0平衡文庫，數(shù)據(jù)利用率高，輕松實現(xiàn)“1庫1 lane”

采用3個不同批次的WGMS V3.0構(gòu)建NA12878標(biāo)準(zhǔn)品的DNA甲基化文庫，不加平衡文庫，平行上機(jī)MGISEQ-2000 ECR7.0（搭配SM測序試劑）和ECR7.1（搭配SM 2.0測序試劑），PE150測序，單lane reads產(chǎn)出基本穩(wěn)定在400 M左右，單個文庫可獲得約120G的原始下機(jī)數(shù)據(jù)，可輕松實現(xiàn)“1庫1 lane”，且測序質(zhì)量良好，SM測序試劑Q30穩(wěn)定在89%左右，SM2.0測序試劑Q30穩(wěn)定在94%左右，Q40穩(wěn)定在87%左右（表1），Read1和Read2的測序堿基分布線幾乎穩(wěn)定在一條水平線上，測序質(zhì)量高（圖1）。

表1. WGMS V3.0適配MGISEQ-2000平臺測序數(shù)據(jù)

圖1. Read1和Read2的測序堿基分布

2、基因組覆蓋度高

不同文庫的MGISEQ-2000 PE150測序數(shù)據(jù)clean rate≥95%，截取110Gb clean data進(jìn)行分析，平均測序深度均≥30x，搭配ECR7.0軟件版本測序儀的全基因組20×coverage≥85%，ECR7.1軟件版本測序儀的全基因組20×coverage≥90%。質(zhì)控文庫Lambda DNA非甲基化C轉(zhuǎn)U的轉(zhuǎn)化率≥99%，不同批次建庫試劑盒及不同測序試劑版本下的NA12878標(biāo)準(zhǔn)品DNA的全基因組甲基化率保持在相當(dāng)?shù)乃剑?3~45%）。

表2. WGMS V3.0適配MGISEQ-2000平臺的測序數(shù)據(jù)

3、文庫插入片段大

試劑盒適配轉(zhuǎn)化損傷小的酶法轉(zhuǎn)化，增大了文庫插入片段長度，更好地支持PE150測序。不同批次建庫試劑盒構(gòu)建的NA12878標(biāo)準(zhǔn)品DNA甲基化文庫的插入片段（主峰約280bp）表現(xiàn)一致。

圖2. DNA甲基化文庫的插入片段大小

4、M-bias低

試劑盒優(yōu)化了末端修復(fù)反應(yīng)體系和步驟，降低了Reads末端M-bias堿基個數(shù)。SM2.0版測序試劑搭配ECR7.1軟件版本所獲結(jié)果顯示，不同批次建庫試劑盒構(gòu)建的NA12878標(biāo)準(zhǔn)品DNA甲基化文庫的M-bias表現(xiàn)一致，Bottom Strand 和Top Strand的Read1和Read2甲基化率幾乎重合。