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微生物領(lǐng)域再上新!華大智造推出微生物組靶向宏條形碼測序組合產(chǎn)品

時(shí)間:2025-01-14作者:華大智造閱讀數(shù):6770分享

微生物組學(xué)是研究特定環(huán)境中微生物群落的行為、相互作用和功能。微生物組測序是一項(xiàng)革命性的技術(shù),它允許科學(xué)家深入探索和理解人體內(nèi)及環(huán)境中微生物群落的復(fù)雜性,揭示微生物種類的多樣性、豐度和功能,為我們打開了一扇了解微生物如何影響人類健康、生態(tài)環(huán)境及工農(nóng)業(yè)生產(chǎn)的大門。而對16S/ITS rDNA可變區(qū)進(jìn)行靶向測序?yàn)槲⑸锓诸愄峁┝艘环N快速且經(jīng)濟(jì)的方法,并能夠在屬-種水平上實(shí)現(xiàn)分類,是一種廣泛應(yīng)用的微生物群落分析技術(shù)。


微生物組學(xué)在人體、環(huán)境和工農(nóng)業(yè)領(lǐng)域中的應(yīng)用


為了持續(xù)助力微生物組學(xué)研究,華大智造基于DNBSEQ-G99和DNBSEQ-E25測序平臺(tái),推出微生物組靶向宏條形碼測序組合產(chǎn)品,即日起開放訂購。


微生物組靶向宏條形碼測序組合產(chǎn)品示意圖



核心優(yōu)勢

  • 應(yīng)用場景豐富,基于主流的rDNA可變區(qū)域設(shè)計(jì),適配多種樣本類型,充分滿足人體、工業(yè)、農(nóng)業(yè)和環(huán)境等場景微生物組學(xué)研究的需求;
  • 集成核酸提取、文庫制備、測序和分析的產(chǎn)品,一站式滿足客戶需求;
  • 搭載中小型測序平臺(tái),G99可極速完成PE300測序,E25無懼顛簸,可在海上穩(wěn)定、高質(zhì)地完成測序;



性能表現(xiàn)

  • 樣本類型:Zymo標(biāo)準(zhǔn)品

以下2組數(shù)據(jù)是以Zymo標(biāo)準(zhǔn)品為樣本進(jìn)行16SV3V4和16SV4測序分析,來評估物種檢出率、物種豐度準(zhǔn)確性和重復(fù)性。結(jié)果如圖1和2所示,預(yù)期物種全部檢出,實(shí)測豐度與理論豐度接近,且批次間和批次內(nèi)的重復(fù)性好。


圖1 Zymo標(biāo)準(zhǔn)品菌種豐度堆疊柱狀圖(DNBSEQ-G99_16SV3V4)



圖2 Zymo標(biāo)準(zhǔn)品菌種豐度堆疊柱狀圖(DNBSEQ-E25_16SV4)


  • 樣本類型:人類糞便

以下數(shù)據(jù)是以人類糞便為樣本,分別進(jìn)行16SV3V4和ITS2測序分析的結(jié)果。如圖3和4所示,分別鑒定出Prevotella普雷沃氏菌屬、Alloprevotella擬普雷沃菌屬、Lachnospira毛螺菌屬等和Saccharomyces酵母菌屬、Candida念珠菌屬、Nigrospora黑孢霉屬等,這些都是腸道中常見的細(xì)菌和真菌群落。



圖3 糞便樣本菌種豐度堆疊柱狀圖(DNBSEQ-G99_16SV3V4)



圖4 糞便樣本菌種豐度堆疊柱狀圖(DNBSEQ-G99_ITS2)


  • 樣本類型:酒醅

以下數(shù)據(jù)是以酒醅為樣本,分別進(jìn)行16SV4和ITS1測序分析的結(jié)果。如圖5和6所示,分別鑒定出Weissella魏斯氏菌屬、Lactobacillu乳桿菌屬、Oceanobacillus大洋芽孢桿菌屬、Pediococcus片球菌屬等酒醅中常見的細(xì)菌群落和Mucor毛霉菌屬、Paecilomyces擬青霉屬、Aspergillus黃曲霉等常見的真菌菌群。


圖5 酒醅菌種豐度堆疊柱狀圖(DNBSEQ-E25_16SV4)



圖6 酒醅菌種豐度堆疊柱狀圖(DNBSEQ-G99_ITS1)


  • 樣本類型:葉片表面清洗液

以下數(shù)據(jù)是以葉片表面清洗液為樣本進(jìn)行ITS1測序分析,如圖7所示,鑒定出Cladosporium分支孢子菌屬、Nigrospora黑孢霉屬、Curvularia彎孢霉屬,Elsinoe痂囊腔菌屬、Lachnum粒毛盤菌屬等常見的引起葉片病變的真菌菌群。


圖7 葉片表面菌種豐度堆疊柱狀圖(DNBSEQ-G99_ITS1)


  • 樣本類型:中國南海深海沉積物

以下數(shù)據(jù)為中國南海深海沉積物樣本,采用16SV4和DNBSEQ-E25在海上完成測序的分析數(shù)據(jù),如圖8所示,該樣本中檢出了人類未培養(yǎng)過的細(xì)菌和古菌,如綠彎菌,酸桿菌,變形菌等。并進(jìn)行了功能基因注釋,為深入了解深海重要微生物類群的生物地球化學(xué)機(jī)制提供重要的參考。


圖8 物種分布堆疊圖


經(jīng)驗(yàn)證,華大智造微生物組靶向宏條形碼測序組合產(chǎn)品已適配多種樣本類型,覆蓋微生物領(lǐng)域豐富的應(yīng)用場景,并具有優(yōu)異的檢測性能和強(qiáng)大的分析功能,可作為微生物組學(xué)研究的理想工具。



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參考文獻(xiàn):

[1]Toward a Predictive Understanding of Earth’s Microbiomes to Address 21st Century Challenges. ASM Journals.2016.

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